Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtgtgcccgttgtggttgtactaatcccaatgagtatggctactgccaatcggtccattgctgtccaggcttattttatctgtagcttatgatctgatcagtagaaatcttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCTCTCGAGCGTGCTGACGAGAACCAAAAGCACATTCTATTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g50760.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g50760.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G147721_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gttagtgtgcccgttgtggttgtactaatcccaatgagtatggctactgccaatcggtccattgctgtccaggcttattttatctgtagcttatgatctgatcagtagaaat-cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCTCTCGAGCGTGCTGACGAGAACCAAAAGCACATTCTATTT
||||| |||    |||    |||  |  | |     || ||   |  | |   | |||| |||||  || ||||   | || |||  |||||   |||| |||||||   || ||||   ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| || |  ||||| ||||| |||||| ||||||| |||
gttag-gtgt---ttgcaactgtctttctactgcatagaataagtgttactgttgggtcgattgcaatcaaggccc-tgttttcttgagcttc--atctcatcagtatttattcttatcacagATCGGAACTGACATTGAAGACTACAAGTGTTCCTGGCTAGTCGTGCAAGCTCTTGAACACGCTGATGAGAAGCAAAAGAACATTCTGTTT

upper sequence: LOC_Os01g50760.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G098569_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gttag---tgtgcccgttgtggttgtactaatcccaatgagtatggctactgccaatcggtccattgctgtccaggcttattttatctgtagcttatgatctgatcagtagaaat-cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCTCTCGAGCGTGCTGACGAGAACCAAAAGCACATTCTATTT
|||||   | ||| | || |  || |||||     ||| |||   |||| ||    | || ||| |   | ||| |    | || |||  | |||  ||||| |||||||   || ||||   ||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||  |||||| |||
gttagatgtttgcacattctctttctactatatagaataagt---gctattg----ttggaccaatcgcgaccaaggccctgttttcttgaactt--gatctcatcagtatttattcttatcacagATCGGAACTGACATTGAAGACTACAAATGTTCCTGGCTAGTTGTGCAAGCTCTTGAGCGTGCTGCTGAGAACCAAAAGAGCATTCTGTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88965695|gb|CI006596.1|CI006596
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|88690724|gb|CI734803.1|CI734803
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|27577652|gb|CB000347.1|CB000347
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86852882|gb|CI323191.1|CI323191
EST:     ATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: ATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86419076|gb|CI053877.1|CI053877
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|27576092|gb|CA998786.1|CA998786
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|33820604|gb|CF336113.1|CF336113
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|87011492|gb|CI279401.1|CI279401
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|33822342|gb|CF336983.1|CF336983
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86535251|gb|CI175457.1|CI175457
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|29620886|gb|CB625897.1|CB625897
EST:     GATGATTATTTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86527820|gb|CI168026.1|CI168026
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|29682410|gb|CB678685.1|CB678685
EST:     GTTTATTGGCAAG                         ACCGTAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86252127|gb|CI055864.1|CI055864
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86426167|gb|CI071264.1|CI071264
EST:     TAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: TAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|8856728|gb|AU094046.1|AU094046
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|88974804|gb|CI023100.1|CI023100
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|29688203|gb|CB684478.1|CB684478
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|27554346|gb|CA998246.1|CA998246
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|89166650|gb|CI103936.1|CI103936
EST:     CCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: CCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|58681411|gb|CK070098.1|CK070098
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|86521107|gb|CI161313.1|CI161313
EST:     GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
EST: gi|29684202|gb|CB680477.1|CB680477
EST:     GATGATTATTTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAG                         ATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT
genomic: GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 45 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 84

GATGATTATCTAGATTGTTATGGTGATCCTGAGTTTATTGGCAAGgttagtgtgc ... cttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCTCTCGAGCGTGCTGACGAGAACCAAAAGCACATTCTATTT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tccaggcttattttatctgtagcttatgatctgatcagtagaaatcttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCTCTCGAGCGTGCTGACGAGAACCAAAAGCACATTCTATTT
                                            tcttaat  putative branch site (score: 84)
       ttattttatctgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtgtgcccgttgtggttgtactaatcccaatgagtatggctactgccaatcggtccattgctgtccaggcttattttatctgtagcttatgatctgatcagtagaaatcttaatgcagATTGGAACGGACATTGAAGACTACAAGTGCTCATGGTTAGTTGTGCAAGCTCTCGAGCGTGCTGACGAGAACCAAAAGCACATTCTATTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT