1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tgggcagggcatcgtctttactttgttaaaattttctccatttatattccaaatctttatcatgttcctgatttctagtattgtattgtgatggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTTGGGAGATTGAGCTTAGTGGATCAGTTTCAGGATCTCATCTGTCCACTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g48060.3 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|218503635|gb|FG969021.1|FG969021
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|58659022|gb|CK047702.1|CK047702
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|58654299|gb|CK042979.1|CK042979
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|33677338|gb|CF305577.1|CF305577
genomic: GTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: CAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCEST: gi|58683193|gb|CK071880.1|CK071880
genomic: CAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGG-TTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGG-AGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCC
EST: CCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|58672722|gb|CK061408.1|CK061408
genomic: CCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|8857852|gb|AU095170.1|AU095170
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|58659436|gb|CK048116.1|CK048116
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|58596807|gb|CK007335.1|CK007335
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTEST: gi|58689818|gb|CK078505.1|CK078505
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCT
EST: GCAGAGAGGCAGACCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTG GTGAAATGGGATGATGA
genomic: GCAGAGAGGCAGATCCAATGTGGCATGGTTCGAAGTGGAAATGTTTAGTGgtatgcgctc ... atggtgacagGTGAAATGGGATGATGA
attccaaatctttatcatgttcctgatttctagtattgtattgtgatggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTTGGGAGATTGAGCTTAGTGGATCAGTTTCAGGATCTCATCTGTCCACTC
tcctgat putative branch site (score: 3)
aaatctttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgggcagggcatcgtctttactttgttaaaattttctccatttatattccaaatctttatcatgttcctgatttctagtattgtattgtgatggtgacagGTGAAATGGGATGATGATGTGGAGTGCCGTCGGCCTAATGGGGTATCTCCTTGGGAGATTGAGCTTAGTGGATCAGTTTCAGGATCTCATCTGTCCACTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA