1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gcatctaaattaaacaagtctgatagtgttcatgattcttacatgaattgaatcttatgactcgacatgtattcttatggtaatttggtgctcaatgcagTTTTAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAATCCATGCTGCTAAATTCATCTGCAAACTTCATGCAAGGCTTTGATTTTCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g42970.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCAAGTTCGGTGCTACTTGTCGATTCAACCATCCTGATCGTCTAG TTTTAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAATEST: gi|218499838|gb|FG962434.1|FG962434
genomic: TTGCAAGTTCGGTTCTACTTGTCGATTCAACCATCCTGATCGTCTAGgtttgtcact ... ctcaatgcagTTTTAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAAT
EST: TTGCAAGTTCGGTTCTACTTGTCGATTCAACCATCCTGATCGTCTAG TTATAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAAT
genomic: TTGCAAGTTCGGTTCTACTTGTCGATTCAACCATCCTGATCGTCTAGgtttgtcact ... ctcaatgcagTTTTAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAAT
aattgaatcttatgactcgacatgtattcttatggtaatttggtgctcaatgcagTTTTAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAATCCATGCTGCTAAATTCATCTGCAAACTTCATGCAAGGCTTTGATTTTCA
tattcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcatctaaattaaacaagtctgatagtgttcatgattcttacatgaattgaatcttatgactcgacatgtattcttatggtaatttggtgctcaatgcagTTTTAAATTTTCCACTTCCACTGGGTCAAACCATTCTCCCTACTCCGGAATCCATGCTGCTAAATTCATCTGCAAACTTCATGCAAGGCTTTGATTTTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - taaacaa
- - - - - - - - - - - - - -gttcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tttggtg