Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaatgcttttagctgacacaagatttatgttccatttttatggttaatcataacagggcatttaaatgtgcgtatcttttctgctgttaatttatgggtttttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATGTCTGATCTAGTCAAACAATCCCTCTACACGGATAAGGATTGTGGTGTCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g42850.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g42850.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G005304_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gttaatgcttttagctgacacaagatttatgttccatttttatggttaatcataacagggcatttaaatg-tgcgtatcttttctgctgttaatttatgggtttttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATGTCTGATCTAGTCAAACAATCCCTCTACACGGATAAGGATTGTGGTGTCC
|||| |||||| |||| | || |||||  | |||    ||     |  | ||  | |  | ||||| ||  ||| | |   || || ||  ||    |    | |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||  |||| | |||   |||||||| || | ||| ||||| |||||||  |||||||||||||| || |
gttagtgctttgagcttatactagattcctattcg---ttacaaatccaaca-gataatgtatttatatcctgcttttaacttatggtggcaaccatt--tctcttttttcagACCTGGGGTGTACGGAAACTAACGGTTGTTGATAGTGGTAGTGTTGTTATGTCTGACCTTGCCAAGCAATCACTCTACATAGATAAGGATTGTGGAGTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|25798441|gb|CA754402.1|CA754402
EST:     TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATG                         ACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
genomic: TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATGgttaatgctt ... tttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
EST: gi|29672224|gb|CB668499.1|CB668499
EST:     TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATG                         ACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
genomic: TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATGgttaatgctt ... tttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
EST: gi|58676123|gb|CK064810.1|CK064810
EST:     TTTTGTTGGGTGCTGGAACTC-TGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATG                         ACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAG-GGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
genomic: TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATGgttaatgctt ... tttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
EST: gi|29674599|gb|CB670874.1|CB670874
EST:     TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATG                         ACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
genomic: TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATGgttaatgctt ... tttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
EST: gi|29674597|gb|CB670872.1|CB670872
EST:     TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATG                         ACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG
genomic: TTTTGTTGGGTGCTGGAACTCTTGGATGTGAAGTCGCACGCCTACTTATGgttaatgctt ... tttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gggcatttaaatgtgcgtatcttttctgctgttaatttatgggtttttttttcagACCTGGGGTGTTCGGAAACTAACAGTGGTTGATGATGGTTGCGTTTCCATGTCTGATCTAGTCAAACAATCCCTCTACACGGATAAGGATTGTGGTGTCC
                             tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                           tttttttttc  putative PPT
                               ttaatttatgggtttt  TA-rich tract