Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccaccaaaaagggtttgcttggagtaatgaaggtgttgtataaattgacaacttaagatctgaaccttgtcttgtccttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTATGGTGAGAAAGTTCTGATACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g09320.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58668338|gb|CK057024.1|CK057024
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTGATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58656234|gb|CK044914.1|CK044914
EST:     ATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAGGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: ATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|33676232|gb|CF304471.1|CF304471
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|29642462|gb|CB647469.1|CB647469
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|218495881|gb|FG947063.1|FG947063
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58608599|gb|CK036632.1|CK036632
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|29645565|gb|CB650572.1|CB650572
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         TAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|86848740|gb|CI294021.1|CI294021
EST:     CTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: CTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|33676868|gb|CF305107.1|CF305107
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|14192240|gb|AU184451.1|AU184451
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58595714|gb|CK006242.1|CK006242
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCC
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCC
EST: gi|33793137|gb|CF322449.1|CF322449
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58670000|gb|CK058686.1|CK058686
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58681408|gb|CK070095.1|CK070095
EST:     GATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: GATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|29668942|gb|CB665217.1|CB665217
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58671508|gb|CK060194.1|CK060194
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|58665642|gb|CK054328.1|CK054328
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
EST: gi|33676662|gb|CF304901.1|CF304901
EST:     TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAG                         GAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT
genomic: TGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 54 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 142

TGTTTACCTATCACGATTGATGTTGGTACAAACAATGAGCAATTGTTGAATGATGAATTCTACATTGGGCTCCGGCAAAGGCGTGCTACTGGCAAGgtaccaccaa ... ttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTATGGTGAGAAAGTTCTGATACAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttgtataaattgacaacttaagatctgaaccttgtcttgtccttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTATGGTGAGAAAGTTCTGATACAG
                                ccttgtcttgtcctt  CT-rich tract
      tataaattga  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaccaccaaaaagggtttgcttggagtaatgaaggtgttgtataaattgacaacttaagatctgaaccttgtcttgtccttgatggcagGAGTACCATGAGCTCATGGAAGAATTTATGAGTGCCGTTAAGCAAATCTATGGTGAGAAAGTTCTGATACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCAA