1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g08700.6 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|88762368|gb|CI771924.1|CI771924
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29667209|gb|CB663484.1|CB663484
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29678221|gb|CB674496.1|CB674496
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|88825885|gb|CI776450.1|CI776450
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29646260|gb|CB651267.1|CB651267
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGATGCTTTTTGGTCTEST: gi|29636923|gb|CB641932.1|CB641932
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTEST: gi|88745659|gb|CI769019.1|CI769019
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|33800019|gb|CF325875.1|CF325875
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|88760813|gb|CI770369.1|CI770369
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|88743735|gb|CI767243.1|CI767243
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29683422|gb|CB679697.1|CB679697
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29664618|gb|CB660893.1|CB660893
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: GCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29657250|gb|CB653525.1|CB653525
genomic: GCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|33801382|gb|CF326562.1|CF326562
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|88734762|gb|CI758270.1|CI758270
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|29623544|gb|CB628555.1|CB628555
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTEST: gi|88732076|gb|CI757253.1|CI757253
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
actgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
tgctaac putative branch site (score: 1)
ctatttttc putative PPT
tattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG