Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctaactctatccagatcttttttaggttaagttttgaagtttatcagtgccattcacacactggacaatatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g37870.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g37870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G034083_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
-----------------------------------------------------------------------------------gtaagtctaactctatccagatctt---ttttaggttaagttttgaagtttatcagtgccat-tcacac--actggacaatatc--------accagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG
                                                                                     || |  |  ||||    || |||   |||   | |||  | ||   | | | ||   ||| |  ||   |   || | |  |        |||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
gtaagtctgaatttcatgcagaccctccttcaagtttctttgcacctattgatatcttttcatgttaactttggatgatatgatgaaatggatttctagaaggaccttatatttagtgataaaatgtgccatctgtgaggtgcatgttgcaataatctgatagttcctcttgcataccagGTTGGTGATTTGGGATATGCTTCGGAGCTAGGAAATTATGCAGAGTACAGTGGAGCTCCCAAGGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGCTTTTGG

upper sequence: LOC_Os12g37870.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv14s0060g00550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
-----------------------------------------------------------gtaagtctaactctatccagatcttttttaggttaagttttgaag---tttatcagtgccattcacacactggacaatatc-----------accagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG
                                                           | ||    ||   | || | || | || | ||   |  || ||||   |||| | ||   || |  |  || ||  || |            ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || || || ||||| || ||||| |||||  |||| ||||| ||||| ||| | |
gtaagtgcacctccatatctcacatccacccattattgacatttatttcatccgtggttgaaaaatgaagcatttctacatttattgttgg---aacttggaaggattttacctgtttaatactaaaccttgatgattttgtttccatttaaccagGTTGGAGATTTGGGTTATGCGTCAGAGCTTGGTAACTATGCAGAGTATAGTGGAGCTCCGAATGAGGAAGAGGTGTTGCAATATGCCAGAGTTGTTCTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27577556|gb|CB000251.1|CB000251
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|33807858|gb|CF329821.1|CF329821
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|58600487|gb|CK011015.1|CK011015
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAG
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAG
EST: gi|58590032|gb|CF988340.1|CF988340
EST:     TTGGACAATGGTTGCAGGTAGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTGGACAATGGTTGCAGGT-GGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|29662348|gb|CB658623.1|CB658623
EST:     AATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: AATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|29680113|gb|CB676388.1|CB676388
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|29638061|gb|CB643070.1|CB643070
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|33800763|gb|CF326252.1|CF326252
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGC
EST: gi|29669994|gb|CB666269.1|CB666269
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
EST: gi|58589196|gb|CF987504.1|CF987504
EST:     TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACT                         GTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC
genomic: TTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 119

ACAAGCTCATCGCTCAAATTCACAGTCCTGAACCCGAAAGGGCGCATTTGGACAATGGTTGCAGGTGGTGGTGCTAGTGTCATATATGCTGATACTgtaagtctaa ... atatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggttaagttttgaagtttatcagtgccattcacacactggacaatatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG
     taagtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagtctaactctatccagatcttttttaggttaagttttgaagtttatcagtgccattcacacactggacaatatcaccagGTTGGAGATTTGGGATATGCGTCAGAGCTTGGAAATTATGCAGAATACAGCGGCGCTCCCAACGAGGAGGAGGTTCTGCAGTATGCTAGAGTGGTTTTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG