1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...taccctcaaatgaactttggcaagcattgggagttttttttaatgacagattaatatgtcctcatttaagttgcaatttcctgtttcatattaaatgcagAACCCCTAGCCAGTCCAATATGGTCATGCAACCAGCTCTTGTTAAAAATCCATTCGGGATGCTGCCAGCGACTCCTCAGATGTCCATTGGGAATGGTGGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g06870.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
acagattaatatgtcctcatttaagttgcaatttcctgtttcatattaaatgcagAACCCCTAGCCAGTCCAATATGGTCATGCAACCAGCTCTTGTTAAAAATCCATTCGGGATGCTGCCAGCGACTCCTCAGATGTCCATTGGGAATGGTGGA
gattaat putative branch site (score: 1)
tgtttcatattaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taccctcaaatgaactttggcaagcattgggagttttttttaatgacagattaatatgtcctcatttaagttgcaatttcctgtttcatattaaatgcagAACCCCTAGCCAGTCCAATATGGTCATGCAACCAGCTCTTGTTAAAAATCCATTCGGGATGCTGCCAGCGACTCCTCAGATGTCCATTGGGAATGGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - caaatgaa
- - - - - - - - - -gcaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agttgca