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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttggtaacactgcctagcatttaatcttgaattttatcatggtatattctatggaacgaagtgtacttatgttctgcttatgtgtaactatttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g04990.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29626657|gb|CB631668.1|CB631668
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTGTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAAC
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAAC
EST: gi|29627108|gb|CB632119.1|CB632119
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAGACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAACT
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAACT
EST: gi|29630786|gb|CB635795.1|CB635795
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|29627343|gb|CB632354.1|CB632354
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTAT
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTAT
EST: gi|29674287|gb|CB670562.1|CB670562
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAACTCANATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGGTAAT
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTGGTAAT
EST: gi|58689916|gb|CK078603.1|CK078603
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|58666789|gb|CK055475.1|CK055475
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
EST: gi|117224882|gb|CT845959.1|CT845959
EST:     ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACT                         CTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
genomic: ACCATGCGACAGTACAAGCTATTTTCTGTGTGCCTCAAACACTAAGCACTgtgagcttta ... tttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attctatggaacgaagtgtacttatgttctgcttatgtgtaactatttattgcagCTACTAAGCTTTATAACTCAAATGCCGTGTGTTCGCCTTATAGTG
                                    gtgtaac  putative branch site (score: 3)
                                     tgtaactatttatt  TA-rich tract