Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atatgctttaagtaactctgaatacccatgctagaaatcctgcatccaccactgcatattgacaatttagtcattgtctctatcaacatttttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g06130.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g06130.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G103430_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 7
atatgctttaagtaactctgaatacccatgctagaaatcc--tgcatccaccactgcatattgacaatttagtcattgtctctatcaacatttttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCT
           || |  |    || |||| |    ||||   || || ||  |||||||  ||  | |||   | || |    || || | |||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| || || || || ||||| ||
-----------gtgatccaacctaaccattcagacaatcacatgtatgcaatactgcattgtgttattttg--ctttattaacat-aatacttttg--gcagCCAATGATATATGGCAGAGGACCAGCACCGGCAGGAATGAGGATGGTGCCGATGGTGCTTCCTGATGGCCGCCTTGGCTATGTCCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88903332|gb|CI088870.1|CI088870
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|86899698|gb|CI327528.1|CI327528
EST:     GGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: GGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|89185712|gb|CI047581.1|CI047581
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGTTGGTGTTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|88828403|gb|CI073273.1|CI073273
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGTTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|86601473|gb|CI253801.1|CI253801
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|29663247|gb|CB659522.1|CB659522
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|86432190|gb|CI085801.1|CI085801
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGTTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|89180439|gb|CI044718.1|CI044718
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGNTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|86540912|gb|CI181118.1|CI181118
EST:     TGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|88202330|gb|CI201192.1|CI201192
EST:     GTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: GTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|88979541|gb|CI025979.1|CI025979
EST:     ATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: ATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|89185087|gb|CI049633.1|CI049633
EST:     TGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|33808242|gb|CF330010.1|CF330010
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         C
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacag-
EST: gi|33808242|gb|CF330010.1|CF330010
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         C
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacag-
EST: gi|88968492|gb|CI098734.1|CI098734
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|89180350|gb|CI044629.1|CI044629
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
EST: gi|86910979|gb|CI294851.1|CI294851
EST:     TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAG                         CCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA
genomic: TGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 59

CAAGCCTGGAGGAGCTCCAAATTTTCCTCTTCCTCCTTATGGTGGCTACATGGGAGATCCATATGGTGCTTATGGTGGTGGTGGTCCTGGATTCAACCAGgtaaaccaaa ... tttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaccactgcatattgacaatttagtcattgtctctatcaacatttttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCT
           tattgac  putative branch site (score: 59)
                                           tttttgtt  putative PPT
          atattgacaattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atatgctttaagtaactctgaatacccatgctagaaatcctgcatccaccactgcatattgacaatttagtcattgtctctatcaacatttttgttacagCCTATGATATATGGTAGAGGACCAGCACCAGCTGGAATGAGGATGGTACCAATGGTGCTCCCTGACGGTCGTCTGGGATATGTTCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
-tatgctt
- - - - - - - - - - - - - catgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atcaaca