1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
gtaaggatcactactttattctttattatgaacggaaattccagtgaagttcaacatgtgacctcctattgccctatgaaacttctaagaattatgtttgacttgattctttattcgtagGTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGGTTTATTATGGAAACACCATACAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g10600.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGAAAATTTTTTGAAAGCCACAGATATTTTGGCTTAGAGCCTGACCAA GTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATTCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGGEST: gi|27576482|gb|CA999176.1|CA999176
genomic: CTCGAAAATTTTTTGAAAGCCACAGATATTTTGGCTTAGAGCCTGACCAAgtaaggatca ... ttattcgtagGTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGG
EST: CTCGAAAATTTTTTGAAAGCCACAGATATTTTGGCTTAGAGCCTGACCAA GTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGGEST: gi|29616664|gb|CB621676.1|CB621676
genomic: CTCGAAAATTTTTTGAAAGCCACAGATATTTTGGCTTAGAGCCTGACCAAgtaaggatca ... ttattcgtagGTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGG
EST: CTCGAAAATTTTTTGAAAGCCACAGATATTTTGGCTTAGAGCCTGACCAA GTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATTCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGG
genomic: CTCGAAAATTTTTTGAAAGCCACAGATATTTTGGCTTAGAGCCTGACCAAgtaaggatca ... ttattcgtagGTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGG
ctattgccctatgaaacttctaagaattatgtttgacttgattctttattcgtagGTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGGTTTATTATGGAAACACCATACAAG
ttctttattc CT-rich tract
taagaattatgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaggatcactactttattctttattatgaacggaaattccagtgaagttcaacatgtgacctcctattgccctatgaaacttctaagaattatgtttgacttgattctttattcgtagGTAACATTTTTCCAGCAAGGTACTATCCCATGTGTCTCAGCTGATGGAAGGTTTATTATGGAAACACCATACAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG