1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtctgtctcttctctagttctctttatattctgttttttatcttgatcaagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTGTTGGAGCAATACGTGCTGCTTTGGATGCTGAGGGTTTCCATGATGTCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g49110.2 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAA GCACGTGCTGGTGCTGATEST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCEST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGC
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATEST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCCAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATEST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATEST: gi|9788971|gb|BE530981.1|BE530981
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGAEST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGA
EST: TTATGAATGATGACACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
aagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTGTTGGAGCAATACGTGCTGCTTTGGATGCTGAGGGTTTCCATGATGTCT
gagtaac putative branch site (score: 2)
tctgtctc putative PPT
aatagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctgtctcttctctagttctctttatattctgttttttatcttgatcaagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTGTTGGAGCAATACGTGCTGCTTTGGATGCTGAGGGTTTCCATGATGTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG