Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtagcaaattgtcctataatttggtagcactatattatgaagtgaaacagtcacaagaattaacatctgtgccttttcacacccttgtggtttgctcagGCCTTGGATTAGTGGTGCTTCTTGATATTGTCCACTCCTATGCATCAGCAGATGAATTGGTTGGCTTATCCCTCTTTGATGGTTCTAATGATTGTTACTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g26234.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27554606|gb|CA998506.1|CA998506
EST:     CAGATTTGGCTCGCCAGATGACTTCAAAAAACTAGTGGATGAGGCACACG                         GCCTTGGATTAGTGGTGCTTCTTGATATTGTCCACTCCTATGCATCAGCAG
genomic: CAGATTTGGCTCGCCAGATGACTTCAAAAAACTAGTGGATGAGGCACACGgtttgcttct ... gtttgctcagGCCTTGGATTAGTGGTGCTTCTTGATATTGTCCACTCCTATGCATCAGCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaacagtcacaagaattaacatctgtgccttttcacacccttgtggtttgctcagGCCTTGGATTAGTGGTGCTTCTTGATATTGTCCACTCCTATGCATCAGCAGATGAATTGGTTGGCTTATCCCTCTTTGATGGTTCTAATGATTGTTACTT
             aattaac  putative branch site (score: 2)
                                              tttgctc  putative PPT
          aagaattaa  TA-rich tract