1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...caacatgtaaaaaaacatcactaatgctaagccctttttttcagtgttttcactactacttaatgtcatcatatatgctaaagtatatttccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAGGACTCCTGAACTTAACAAATCTATACACATTTACTCTAGTGCTCTTAAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g24704.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGATTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTGCTAGCAAAAGC ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAGEST: gi|29670228|gb|CB666503.1|CB666503
genomic: CTTGATTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTGCTAGCAAAAGCgtaacctact ... ccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAG
EST: CTTGATTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTGCTAGCAAAAGC ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAGEST: gi|29665965|gb|CB662240.1|CB662240
genomic: CTTGATTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTGCTAGCAAAAGCgtaacctact ... ccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAG
EST: CTTGATTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTGCTAGCAAAAGC ATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAG
genomic: CTTGATTATCCCAGTCACCAGCGACGCCTTCTACCACTGCTAGCAAAAGCgtaacctact ... ccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAG
gttttcactactacttaatgtcatcatatatgctaaagtatatttccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAGGACTCCTGAACTTAACAAATCTATACACATTTACTCTAGTGCTCTTAAA
tgctaaa putative branch site (score: 16)
tatttcctt putative PPT
taaagtatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caacatgtaaaaaaacatcactaatgctaagccctttttttcagtgttttcactactacttaatgtcatcatatatgctaaagtatatttccttatgcagATGTCTGATGAGCAGTGCTGGTAATTTTATGAAAAGGATGTATGTGAAGAGGACTCCTGAACTTAACAAATCTATACACATTTACTCTAGTGCTCTTAAA
-aacatgt
- - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - ctaatgc
- - - - - - - - - - - -atgctaa