Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accagtggtttcacagaaactgctgtatttcctggaattttgtttctatttgcttgctattgtgtttgttttgaaaacatgatttttaaaatatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g15360.4
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29655833|gb|CB652108.1|CB652108
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|117226238|gb|CT846174.1|CT846174
EST:     TGGTGGTGCCTCAG-ACCCTA-TGCGAATCCTCTAA-CCTATTCCCC-AG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCT
genomic: TGGTGGTGCCTCAGGACC-TAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatttgcttgctattgtgtttgttttgaaaacatgatttttaaaatatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG
                   tttgttttgaaaacat  TA-rich tract