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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accagtggtttcacagaaactgctgtatttcctggaattttgtttctatttgcttgctattgtgtttgttttgaaaacatgatttttaaaatatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g15360.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88847927|gb|CI006113.1|CI006113
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29643187|gb|CB648194.1|CB648194
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACATAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29657665|gb|CB653940.1|CB653940
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29669285|gb|CB665560.1|CB665560
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29655833|gb|CB652108.1|CB652108
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29643233|gb|CB648240.1|CB648240
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|300215820|gb|HO088446.1|HO088446
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29662304|gb|CB658579.1|CB658579
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29660321|gb|CB656596.1|CB656596
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29673855|gb|CB670130.1|CB670130
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29670072|gb|CB666347.1|CB666347
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|29630613|gb|CB635622.1|CB635622
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|117226238|gb|CT846174.1|CT846174
EST:     TGGTGGTGCCTCAG-ACCCTA-TGCGAATCCTCTAA-CCTATTCCCC-AG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCT
genomic: TGGTGGTGCCTCAGGACC-TAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCT
EST: gi|300215841|gb|HO088467.1|HO088467
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|14980837|gb|BI305515.1|BI305515
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCNCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|23514955|gb|BU673867.1|BU673867
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|8859709|gb|AU097027.1|AU097027
EST:     TGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: TGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|218488797|gb|FG951622.1|FG951622
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|32947880|gb|BP184452.1|BP184452
EST:     CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: CTGGTGGTGCCTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
EST: gi|8527786|gb|AU092601.1|AU092601
EST:     GGTGCCTTCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAG                         GGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC
genomic: GGTGCC-TCAGGACCTAATGCGAATCCTCTAAACCTATTCCCCCAGgtatgtgtaa ... atatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctatttgcttgctattgtgtttgttttgaaaacatgatttttaaaatatgtttagGGCATTCCAAGTGCTGGGTCAAATCCTGGTGCTGCTGCTGGTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG
                   tttgttttgaaaacat  TA-rich tract