1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaaaaaacagcacttgtgtgcgactttgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTGAGGCCACAGTGGTTGCTTGCAAAGCTGCTGATGAGGCTGTCAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g40420.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|89172183|gb|CI721242.1|CI721242
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATEST: gi|87022092|gb|CI259164.1|CI259164
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|87026872|gb|CI259525.1|CI259525
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|86478225|gb|CI120858.1|CI120858
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|88847922|gb|CI006108.1|CI006108
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|8527713|gb|AU092528.1|AU092528
genomic: CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|55409364|gb|CV721740.1|CV721740
genomic: AAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|3763744|gb|AU030496.1|AU030496
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAATTTTGACCAG GTCCGCGTTACCCTCCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATEST: gi|38475605|gb|CF959738.1|CF959738
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCT-CCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|89198567|gb|CI016652.1|CI016652
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: TAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|33812546|gb|CF332161.1|CF332161
genomic: TAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTNGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATEST: gi|58592226|gb|CF990534.1|CF990534
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGT-GATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|86907723|gb|CI298640.1|CI298640
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|218489939|gb|FG958028.1|FG958028
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|87024582|gb|CI259297.1|CI259297
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|58589221|gb|CF987529.1|CF987529
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTEST: gi|88991606|gb|CI019784.1|CI019784
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAG-TTGACCAG GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
tgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTGAGGCCACAGTGGTTGCTTGCAAAGCTGCTGATGAGGCTGTCAAG
tcttaac putative branch site (score: 31)
ttctgttctt CT-rich tract
tttgttaaattattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaaaacagcacttgtgtgcgactttgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTGAGGCCACAGTGGTTGCTTGCAAAGCTGCTGATGAGGCTGTCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT