Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagtacatgcactatgctataatgtgatgagcttccttttattgtatgtcgctgcatttgtttttggttcttatgcagttttgaattacctgtgctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g25310.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM5G840955_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gagtacatgcact---atgctataatgtgatgagcttccttttattgtatgtcgctgcatttgtttttggttctta-tgcagttttgaattacctgtgctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTT
   ||||| || |   ||| | ||   |    |  |||||   |  | | || | | | ||||||| | || |||| |    |  | ||||     ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
ttctacattcaatcgcatg-tgtagcctatgaactttcctgacaaggcaagttgtttcctttgtttcttgtccttaatatgctacttaattgt---tgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGATTGACTGAAACTTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGATACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT

upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G079236_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gagtacatgcactatgctataatgtg-atgagcttccttt-tattgtatgtcgctgcatttgtttttggttcttatgcagttttgaattacc-tgt-gctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTT
   || || || |    |||   |   |||| ||| | |  ||  ||| |  | ||| |||| ||   ||||||||    |  |  |||    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
-tctatattcaatcgcatatgtagcctatgaactttcctgataaggtaaggtgttgcctttgctt---gttcttatatgatacttgattgttgtgttgctgcagTGTCCCAGTGGGTCAAGGCTATGGTTTGACTGAAACCTGTGCTGGAGCAGCTTTCACTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGTCGTGTTGGTCCACCACTT

upper sequence: LOC_Os05g25310.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: PP1S15_17V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
gagtacatgcactatgctataatgtg--atgagcttccttttattgtatgtcgctgcatt-tgtttttggttcttatgcagttttgaattacctgtgctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTT
   | || |   | ||  |   |||   |   | |||  |   |   ||| | |     | || |       |||| | |  |  |       | | | |||| |   || | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |   | ||  | |||||||||||       ||  | ||||  || || ||    
---tccacggcatgtgtcagtgtgtacaactcggttcactcggtctgatgccacgatgctctggtaccttaacttaagaaactgcgtgggttattttcggcagAGCTACAATCGGTCAAGGCTATGGTTTAACAGAGACTTGTGCTGGTGGGACATTCACCGAATGGGATGATCGCTCCGTTCGTCGTGCGGGGCCTCCGACA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163921593|gb|EG714144.1|EG714144
EST:     GGTGCACCTCTATCGAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTTGG                         TGTACCAGTAGGTCGAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGC
genomic: GGTGCACCTCTATCGAGTGACACACAAAGATTTATGAATATATGTCTTGGgtaatttctt ... tgtgctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtcgctgcatttgtttttggttcttatgcagttttgaattacctgtgctgcagTGTACCAGTAGGTCAAGGCTATGGATTGACAGAGACTTGTGCTGGAGCAGCCTTTTCTGAATGGGATGACACAAGTGTGGGCCGTGTTGGTCCACCCCTT
          atttgttttt  TA-rich tract