Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atctgattttaaataaactatcatcagctgcgatataggcagtagtttcttttatgttgattaatgctttattgaagttgtaactatggtgcatatctagGTCGGCATACTGTGATGTCAGCATGCCTCCTGAGGGGTTGAGAGAGTTCTTGCCACGCTTAATCCCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g59494.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G376731_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
--atctgattttaaataaactatcatcagctgcgatataggcagtagtttcttttatgttgattaatgctttattgaagttgtaactatggtgcatatct-agGTCGGCATACTGTGATGTCAGCATGCCTCCTGAGGGGTTGAGAGAGTTCTTGCCACGCTTAATCCCA
  || | |||||   ||||   |||  | ||  |    |   | ||  |   |        ||        |||||   || | |   |  |  || | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||||||||||| 
caatttaattttgcttaaat--tcaa-aactaagtctgaataactaactatatggccaggaatctgaagcctattgtcatttttaaattattaaatctttcagGTCTGCATACTGTGATGTGAGCATGCCTCCTGAAGGTTTACGGGAGTTCTTGCCACGCTTAATCCCG

upper sequence: LOC_Os04g59494.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G312026_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
atctgattttaaataaactatcatcagctgcgatataggcagtagtttcttttatgttga-ttaatgctttattg--aagttgtaactatggtgcatatct-agGTCGGCATACTGTGATGTCAGCATGCCTCCTGAGGGGTTGAGAGAGTTCTTGCCACGCTTAATCCCA
 ||  |||||   |   | ||    ||||  | | |    |      | | || ||  || |||      |||||  || || ||| | || |  || | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||    ||||||||||| | ||||||||| 
-tcacatttttt-tgctcaattcaaagctaag-tctgaataactaactatattgtgaggaattagaagcctattgtcaatttttaaat-tgttaaatctttcagGTCTGCATACTGTGATGTGAGCATGCCTCCTGAAGGTTTACAGGAGTTCTTGCCGCACTTAATCCCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcttttatgttgattaatgctttattgaagttgtaactatggtgcatatctagGTCGGCATACTGTGATGTCAGCATGCCTCCTGAGGGGTTGAGAGAGTTCTTGCCACGCTTAATCCCA
                                ttgtaac  putative branch site (score: 2)
     tttatgttgattaat  TA-rich tract