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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttgtgtttcaaatttatctctgtataaccagtgaatatgtatacaccactttatccaaattattgtgaaatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g63020.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g63020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G045241_T07 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtgagtttgtgtttcaaatttatc-tctgtataaccagtgaatatgtatacaccactttatccaaattattgtgaa-atggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTATTG
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gtaagtttgtgcatgaaatttacaatttgttttatataatgatatatttatgcaactaaatcctcaagatcatctatattctttagGTATCGGGCTCCAGAGGTTCTACTGCAATCTTCAGTTTATACACCTGCTATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58694135|gb|CK082822.1|CK082822
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
EST: gi|58656490|gb|CK045170.1|CK045170
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGC
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGC
EST: gi|58692426|gb|CK081113.1|CK081113
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
EST: gi|58675001|gb|CK063688.1|CK063688
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
EST: gi|34996388|gb|CF569133.1|CF569133
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
EST: gi|86848584|gb|CI293908.1|CI293908
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
EST: gi|33381171|gb|CF196514.1|CF196514
EST:     AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATG                         GTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT
genomic: AGAGAAGTATCTTCCAGTCCTCCTTATACTGACTATGTTTCCACCAGATGgtgagtttgt ... aatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataaccagtgaatatgtatacaccactttatccaaattattgtgaaatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTATTG
 gtataac  putative branch site (score: 3)
                          tttatccaaattatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgagtttgtgtttcaaatttatctctgtataaccagtgaatatgtatacaccactttatccaaattattgtgaaatggtgaagGTATCGAGCTCCAGAGGTGCTGCTACAATCGTCAGCTTACACACCTGCTATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT