Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatgtttgtgaaagtgccatgactctctcatagtgcattgtttatgaaatatcttagtccatctagcatattttattcaggtgaattaatgtatatgcagGTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTTGGGAAATGGGATGAAAGCATGCACTATGTGATGGGTGATTGCTTTGGAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g49770.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g49770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G147332_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
-tatgtttgtgaaagtgccatgactctctcatagtgcattgtttatgaaatatcttagtccatctagcatattttattcaggtgaattaatgtatatgcagGTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTTGGGAAATGGGATGAAAGCATGCACTATGTGATGGGTGATTGCTTTGGAA
 |   | |    || |  | |||  |  | ||| |    ||| | |  | |  ||||||   | ||||    ||||||||| | ||   ||| |||||||||| |||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
tttgatgtactcaactttc-tgataccatgatattcatatgtctgtagactggcttagttactttagcgagctttattcagttcaaccgatgcatatgcagGTGCAAGGTGTTGTTCAAGATAGAAATGGTCGAACTGTTGCTACACTATTTGGAAAATGGGATGAAAGCATGCACTATGTAATGGGTGATTGCTTTGGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11233415|gb|AU164827.1|AU164827
EST:     GAGCAGTCAATTATTGATCGTAACCCACATCAG                         GTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTT
genomic: GAGCAGTCAATTATTGATCGTAACCCACATCAGgtatgcttgt ... gtatatgcagGTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTT
EST: gi|163927376|gb|EG709904.1|EG709904
EST:     GCAAGTTGAAGTTTAAGGAGCAGTCAATTATTGATC--A-CCCACATCAG                         GTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTT
genomic: GCAAGTTGAAGTTTAAGGAGCAGTCAATTATTGATCGTAACCCACATCAGgtatgcttgt ... gtatatgcagGTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaatatcttagtccatctagcatattttattcaggtgaattaatgtatatgcagGTACAAGGTGTTGTTCAGGACCGAAGTGGTCGAACTGTTGCTACACTCTTTGGGAAATGGGATGAAAGCATGCACTATGTGATGGGTGATTGCTTTGGAA
                                      aattaat  putative branch site (score: 3)
                                    tgaattaatgtatat  TA-rich tract