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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcgtttttgcaattcttaggcatcataccactaactgttgttactatgccacgattgaacttgaataacaattaatcacaatattttatttttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCGCCTGCTCAAAATTTCCAGATTAGTAACAGGAGACTGCTGTCGGTAGAAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g25390.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86883289|gb|CI337947.1|CI337947
EST:     TGTGATTCCAAGTTATTGGGGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACGTGCTCCG
genomic: TGTGATTGCAA-TTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|13423375|gb|AU176536.1|AU176536
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGANTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88969737|gb|CI383240.1|CI383240
EST:     TTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: TTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|30227163|gb|CB965055.1|CB965055
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88264485|gb|CI368259.1|CI368259
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|27921131|gb|CB096939.1|CB096939
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|30228758|gb|CB966648.1|CB966648
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88424981|gb|CI562296.1|CI562296
EST:     GTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: GTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88509241|gb|CI436747.1|CI436747
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|30228750|gb|CB966640.1|CB966640
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|66918985|gb|CX105833.1|CX105833
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|15855989|gb|BI808801.1|BI808801
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCCATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACCAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88969544|gb|CI383054.1|CI383054
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88503164|gb|CI430670.1|CI430670
EST:     TGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: TGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88520726|gb|CI446382.1|CI446382
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|89186178|gb|CI048047.1|CI048047
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88262856|gb|CI364434.1|CI364434
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|86864804|gb|CI344294.1|CI344294
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|88275141|gb|CI395745.1|CI395745
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
EST: gi|14980927|gb|BI305605.1|BI305605
EST:     CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAG                         ATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG
genomic: CATTGCTTTTTCTGATTGTTTGTGGTGTGATTGCAATTATTGTTGTTAAGgtatgttctt ... tttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgccacgattgaacttgaataacaattaatcacaatattttatttttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCGCCTGCTCAAAATTTCCAGATTAGTAACAGGAGACTGCTGTCGGTAGAAA
                                    tattttattttttt  CT-rich tract
            aacttgaataacaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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tcgtttttgcaattcttaggcatcataccactaactgttgttactatgccacgattgaacttgaataacaattaatcacaatattttatttttttaacagATTGTCAACCCACATAACAAGAACATCCGCGACATCCCAGGACTTGCTCCGCCTGCTCAAAATTTCCAGATTAGTAACAGGAGACTGCTGTCGGTAGAAA

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- - ttttgca
- - - - - - - - - - - -catacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - ctgttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacaata