1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtgctctttgaatttacttatagaattgatttacctacaattatgtgataggctttctgattagttatatttttgctgctacttcagccttagtatgtagtcctataccttttgtgcagcaccatcttattatcatatttatattagctgttaattacaacttggttgacattttgccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAACTAGAAATGGCAAGACAATATCTGCCTGCTCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g21720.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAG CTTCTGGCA-TGNGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAEST: gi|58687228|gb|CK075915.1|CK075915
genomic: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAGgtgctctttg ... ccatcgtcagCTTCTGGCATTG-GTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAA
EST: CACCAATTGTGAAG CTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAAEST: gi|29665176|gb|CB661451.1|CB661451
genomic: CACCAATTGTGAAGgtgctctttg ... ccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAA
EST: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAG CTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAAEST: gi|14571249|gb|BI118617.1|BI118617
genomic: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAGgtgctctttg ... ccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAA
EST: ACACCAATTGTGAAG CTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAAEST: gi|58692052|gb|CK080739.1|CK080739
genomic: ACACCAATTGTGAAGgtgctctttg ... ccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAA
EST: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAG CTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAAEST: gi|58595298|gb|CF993606.1|CF993606
genomic: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAGgtgctctttg ... ccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAA
EST: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAG CTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAA
genomic: CGTTGTGAAAGGTGTAAAGTTTGTTGGTGATGGGTACACCAATTGTGAAGgtgctctttg ... ccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAA
atcatatttatattagctgttaattacaacttggttgacattttgccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAACTAGAAATGGCAAGACAATATCTGCCTGCTCA
ttttgcc CT-rich tract
atttatattagctgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgctctttgaatttacttatagaattgatttacctacaattatgtgataggctttctgattagttatatttttgctgctacttcagccttagtatgtagtcctataccttttgtgcagcaccatcttattatcatatttatattagctgttaattacaacttggttgacattttgccatcgtcagCTTCTGGCATTGGTAGGTGCGAAATTAAAAATGGAGGATGCTGGAAAGAAACTAGAAATGGCAAGACAATATCTGCCTGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA