Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaatgcctcaacaaaaatgcacatataataattcttctctagtgatttttccagagattgtagtttatgtttgaaattctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTATACCATAACTTAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14450.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g14450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv16s0022g01770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gcaatgcctcaacaaaaatgcacatataataattcttctctagtgatttttccagagattgtagtttatgtttgaaattctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTATACCATAACTTAAAG
        | ||  ||| |       |  | ||   | | || ||   ||| | |      |  ||  |  |   |||| | ||||||| || ||||| |||||   ||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||
------gttaaattaaagtctgagcttggttatgaatttttaatgtcctttgctgttgaaattcttattaatcccaatttt-tacagGAATTTATGATTCTCCCACTTGGGGCATCTTCTTTCAAGGAAGCTATGAAGATGGGTGTAGAAGTATACCATCATTTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|117233450|gb|CT848145.1|CT848145
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|58600719|gb|CK011247.1|CK011247
EST:     TCAATGTCGTCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|5607353|gb|AU076025.1|AU076025
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGGCTATTAA
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGG-CTATGAA
EST: gi|27553945|gb|CA997845.1|CA997845
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTT
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTT
EST: gi|29678593|gb|CB674868.1|CB674868
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|58600258|gb|CK010786.1|CK010786
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAA
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGG-TGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAA
EST: gi|27553947|gb|CA997847.1|CA997847
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAG
EST: gi|32947868|gb|BP184440.1|BP184440
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAG                         GAGTTCAATGATCCT
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCA-TGATCCT
EST: gi|38565671|gb|CK085124.1|CK085124
EST:     TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTACCTATGCAG                         GAGTTCATGATCCT
genomic: TCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGCAGgcaatgcctc ... ttctgtacagGAGTTCATGATCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcttctctagtgatttttccagagattgtagtttatgtttgaaattctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTATACCATAACTTAAAG
                                tttatgtttgaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaatgcctcaacaaaaatgcacatataataattcttctctagtgatttttccagagattgtagtttatgtttgaaattctgtacagGAGTTCATGATCCTCCCTACTGGTGCTTCATCTTTCAAGGAGGCTATGAAGATGGGTGTTGAAGTATACCATAACTTAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG