1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtttgcaatttgtccatggattcttctgcagcagtatgccattaaaaaaaaacttagttttggattaaaacttgtccatgtattcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAGAGATCTTCATGGGGGGTAAGAGCACCATCGTTCTGCACAACACCTGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g09250.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58595947|gb|CK006475.1|CK006475
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAGTGGACGAGTACACCTCAEST: gi|33381225|gb|CF196568.1|CF196568
genomic: CTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|3760166|gb|C97424.1|C97424
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|218498582|gb|FG966060.1|FG966060
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|29646113|gb|CB651120.1|CB651120
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|87018994|gb|CI256879.1|CI256879
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58595830|gb|CK006358.1|CK006358
genomic: CATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|11443012|gb|BF430899.1|BF430899
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|218494828|gb|FG945589.1|FG945589
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58685454|gb|CK074141.1|CK074141
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|38479690|gb|CF963779.1|CF963779
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|29616446|gb|CB621458.1|CB621458
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|29686334|gb|CB682609.1|CB682609
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|87035170|gb|CI189792.1|CI189792
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|218485055|gb|FG967785.1|FG967785
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|163929263|gb|EG711024.1|EG711024
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAEST: gi|218504141|gb|FG945017.1|FG945017
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|29686335|gb|CB682610.1|CB682610
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58671384|gb|CK060070.1|CK060070
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|218486080|gb|FG945047.1|FG945047
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|58657984|gb|CK046664.1|CK046664
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|66922317|gb|CX109165.1|CX109165
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|10930987|gb|AU161261.1|AU161261
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: GAGCTTGGCGGAGCATCCTGAATCATGTTGTTGTGATCAAG TATTTCCCGTATTTTGGAGACAGCAAGAGGNCATTGGACGAGTACACNTCAEST: gi|218485553|gb|FG949786.1|FG949786
genomic: GAGCTTGGC-GAGCATCCTG-ATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CCATCCTCTATGAGCCTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAEST: gi|38482291|gb|CF966336.1|CF966336
genomic: CCATCCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
EST: CATGCGTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAG TATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
genomic: CAT-CCTCTATGAGCTTGGCGAGCATCCTGATCATGTTGTTGTGATCAAGgtttgcaatt ... tcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCA
ccattaaaaaaaaacttagttttggattaaaacttgtccatgtattcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAGAGATCTTCATGGGGGGTAAGAGCACCATCGTTCTGCACAACACCTGTG
tattcttct CT-rich tract
aaaaaaaaacttagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgcaatttgtccatggattcttctgcagcagtatgccattaaaaaaaaacttagttttggattaaaacttgtccatgtattcttctgcagTATGTGCCGTATGTTGGAGACAGCAAGAGGGCAATGGACGAGTACACCTCAGAGATCTTCATGGGGGGTAAGAGCACCATCGTTCTGCACAACACCTGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA