Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acatattgatcttgttgtaggtgctatccccctgaatctgcaatcatgattctattattctaaaataaattctgatcttaagttgtttgctcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g02756.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g02756.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G453794_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
acatattgatcttgttgtaggtgctatccccctga-atctgcaatcatgattctattattctaaaataaa--ttctgatcttaagttgtttgctcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
  |||||  | ||     |  || |  ||    ||    ||| || ||| || | ||  ||      ||   |||| || ||||  |  ||  ||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
-gatattattatt--cacacttgttgaccttgagatgattgctattatgtttgtctttctcatcgtcaacgcttctaatattaaactcgttattcttttgcagCTAACCGTGCTGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAATGTATCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29615116|gb|CB620129.1|CB620129
EST:     GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATG                         CTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
genomic: GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATGgtaattagat ... tcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
EST: gi|300216075|gb|HO088701.1|HO088701
EST:     GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATG                         CTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
genomic: GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATGgtaattagat ... tcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
EST: gi|29613902|gb|CB618915.1|CB618915
EST:     GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATG                         CTAATTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
genomic: GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATGgtaattagat ... tcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
EST: gi|29675246|gb|CB671521.1|CB671521
EST:     GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATG                         CTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTGGCT
genomic: GGATGTTGTCCTTCTATGTGACAACTATTGGGTTCTACTTCTGCACCATGgtaattagat ... tcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTGGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgattctattattctaaaataaattctgatcttaagttgtttgctcttttgcagCTAACTGTTTGGACCGTGTACATATTTCTCTATGGGAAAACCTATCTG
                                     ttgtttgctctttt  CT-rich tract
       tattattctaaaataa  TA-rich tract