Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattatcatgcacaacattttgttatgcagcaatgaacgaatcttcaagttggttggtcgagtttttttatataaaaatgttctggatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTTCCTCTTCCTATTGCAAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g57180.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g57180.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G143651_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtaattatcatgcacaacattttgttatgcagcaatgaacgaatcttcaagttggttggtcgagtttttttatataaaaatgttctgg-atgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTTCCTCTTCCTATTGCAAGG
|||| | | |  | |||| | | |  ||| |   |||    ||| | ||  |  |  ||   |        || | |  ||| |  ||  | | |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||  || |||| ||||||||| ||||||||
gtaactgttactc-caacttgtggcgatgaat--atgttttaatttgcatatgtgaagggaaaaagag---atgtgaccatgattgggtgtatgacagGCTGAGCTGATGTACGAGACAATCCGCGAATGGCCAAGATATGTCAATGTCCCTCTTCCTGTTGCAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11442907|gb|BF430806.1|BF430806
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|4714677|gb|AU055794.1|AU055794
EST:     AGAGTTTTATACCTGTTCATGGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGCCAATTACGTGAATGGCCACGGTACATCGATG
genomic: AGAGATTTATA-CTGTTCAT-GAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAA-TACGTGAATGGCCACGGTACATCGATG
EST: gi|86422921|gb|CI060494.1|CI060494
EST:     AGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACGATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: AGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|88246401|gb|CI246250.1|CI246250
EST:     CTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: CTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|29673109|gb|CB669384.1|CB669384
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|88227607|gb|CI227087.1|CI227087
EST:     GACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|86423690|gb|CI062451.1|CI062451
EST:     GAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|86831290|gb|CI297559.1|CI297559
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|86599963|gb|CI258303.1|CI258303
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|86435376|gb|CI106609.1|CI106609
EST:     ACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCCCGGTACATCGATGTT
genomic: ACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|29671359|gb|CB667634.1|CB667634
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|8856604|gb|AU093922.1|AU093922
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
EST: gi|88730417|gb|CI754030.1|CI754030
EST:     GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTG                         GCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT
genomic: GAAAGACCTACGAACTTGGTGGACCAGAGATTTATACTGTTCATGAGCTGgtaattatca ... gatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcttcaagttggttggtcgagtttttttatataaaaatgttctggatgttacagGCTGAGCTGATGTATGAGACAATACGTGAATGGCCACGGTACATCGATGTTCCTCTTCCTATTGCAAGG
                    agtttttttatataaa  TA-rich tract