1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgtgcaacattgtgaaaactcacaagaacttatcaattttctgcacttaaagtgcttctgtttgacaagcatgtttctgaaaaaaaaaatgttgacttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTATTGGAGGTGCTCGCTTCGATGATGGGGTTGGGGGTGATAATGAGGTTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g54340.1 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTEST: gi|58654487|gb|CK043167.1|CK043167
genomic: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCT
EST: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTEST: gi|84117608|gb|CD151375.1|CD151375
genomic: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCT
EST: TCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCGACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCEST: gi|58673769|gb|CK062455.1|CK062455
genomic: TCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGC-ACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTC
EST: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTEST: gi|58685776|gb|CK074463.1|CK074463
genomic: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCT
EST: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTEST: gi|8857968|gb|AU095286.1|AU095286
genomic: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCT
EST: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCEST: gi|58600395|gb|CK010923.1|CK010923
genomic: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAA-GCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGC
EST: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAG ATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCT
genomic: TTCAAAAATATGTTGGTGAAGGGGCACGGATGGTCCGGGAATTATTTCAGgtatgtgcaa ... cttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCT
agtgcttctgtttgacaagcatgtttctgaaaaaaaaaatgttgacttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTATTGGAGGTGCTCGCTTCGATGATGGGGTTGGGGGTGATAATGAGGTTC
tgttgac putative branch site (score: 19)
tttctgaaaaaaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgcaacattgtgaaaactcacaagaacttatcaattttctgcacttaaagtgcttctgtttgacaagcatgtttctgaaaaaaaaaatgttgacttggtttagATGGCCCGCTCGAAGAAAGCATGCATTGTCTTCTTTGATGAGGTTGATGCTATTGGAGGTGCTCGCTTCGATGATGGGGTTGGGGGTGATAATGAGGTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG