Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatcattagcgtggcaatgtttctttgagcgtttctgttactcatgccctaagtcttacatggttgtcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGACGTGAGTTCGAAGCAGTTCTATGGTGAAGGATATGATGATAGTGATAAGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g73790.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G167872_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
------gtacatcattagcgtggcaatgtttctttgagcgtttctgttactcatgccctaagtcttacatggttgtcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGACGTGAGTTCGAAGCAGTTCTATGGTGAAGGATATGATGATAGTGATAAGA
        |    |||    || ||      | |  ||   |   ||      |  ||    |||    |  |||| | |  |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||
gtattgccattagatttatatgacatgacgccgtcaagtaat--ggtcgggtgttaccagtttctgttgtttttgtgccgcgcagGTCTATGCAAACGTCTCAGGAGAGGCGCCGCTGGATGAGCCTATGATCGACGTGAGTTCGAGTCAGTTCTACGGTGAAGGATACGATGACAGTGATAAGA

upper sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G063949_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
-----------------------------gtacat-cattagcgtggcaatgtttctttgagcgtttctgttactcatgccctaagtcttacatggttgtcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGACGTGAGTTCGAAGCAGTTCTATGGTGAAGGATATGATGATAGTGATAAGA
                             | ||||  | | | |  ||||      ||  | | | | |  |||| ||   | |||  || || |  |         ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||
agtcatctctgtcgatgaaatggatgtgcgcacatgtaattgtgaagcaagagcgtttccatcctctttactactaattggcaaagcattgcacgagt---------agGTCTACGCAAATGTCTCAGGAGAGGCACCGCTGGATGAGCCCATGATTGACGTGAGCTCGAGTCAGTTCTACGGTGAAGGATACGATGATAGCGACAAGA

upper sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv03s0017g00680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
----gtacatcattagcgtg------gcaatgtttctttgagcgttt-ctgttactcatgccctaagtc--ttacatggttgtcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGACGTGAGTTCGAAGCAGTTCTATGGTGAAGGATATGATGATAGTGATAAGA
     |   ||||| |  |       ||||| ||  | | |   ||  |   ||   || |  ||  |   | || |  ||    | | ||||| |||||||| ||    || || ||  |  |||| | ||| |   |||| || || || ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
gtgaatgagtcattggtttttttgatgcaatattaatcttaatcttgacctctatggattctatatattgatgacttccttccattattcagGTTTATGCAAAGGTGAGTGGGGAACCTTCTTTGGAGGTACCAACTGTTGATGTAAGCTCCAAAGAATTCTATGGTGAAGGATATGATGACAGTGACAAGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58685720|gb|CK074407.1|CK074407
EST:     CCTAACAATGAAGTCACTGTTAGCCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: CCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|86426862|gb|CI071959.1|CI071959
EST:     GTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: GTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|58675034|gb|CK063721.1|CK063721
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|88994109|gb|CI116073.1|CI116073
EST:     CACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: CACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|86435043|gb|CI106276.1|CI106276
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|86547126|gb|CI187332.1|CI187332
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAACGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|14981822|gb|BI306500.1|BI306500
EST:     TGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: TGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|86823405|gb|CI256377.1|CI256377
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|25801443|gb|CA757404.1|CA757404
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGG
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGG
EST: gi|58655446|gb|CK044126.1|CK044126
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|27576710|gb|CA999404.1|CA999404
EST:     ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|86601245|gb|CI251619.1|CI251619
EST:     AATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: AATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
EST: gi|88201870|gb|CI202225.1|CI202225
EST:     ACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAG                         GTCTATGCAAACGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC
genomic: ACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 68 (downstream exon)
Score: 23

GAAAATCCTGCTCGTGCCAATGGTCAAATCTTCAATGTCGGGAATCCTAACAATGAAGTCACTGTTAGGCAATTGGCTGAAATGATGACAGAGgtacatcatt ... tcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGACGTGAGTTCGAAGCAGTTCTATGGTGAAGGATATGATGATAGTGATAAGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctttgagcgtttctgttactcatgccctaagtcttacatggttgtcctgtacagGTCTATGCAAATGTCTCAGGAGAGCCACCACTGGATGAACCTATGATTGACGTGAGTTCGAAGCAGTTCTATGGTGAAGGATATGATGATAGTGATAAGA
                               gtcttac  putative branch site (score: 23)
                                          ttgtcct  putative PPT