Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgttgcatttgcatagaagatatatggctggtgcattttctatcaattattcaaagtcatctacgcttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTTCCCAGGACAGTAGCTTGTACATTGTCACAGGGATCTAGTGTAACCAGCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g15020.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g15020.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G316967_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
---------gtaatgttgcatttgcat---agaagatatatggctggtgcattttctatcaattattcaaagtcatctacgcttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTTCCCAGGACAGTAGCTTGTACATTGTCACAGGGATCTAGTGTAACCAGCA
         ||||| |||||||||||      || |||| |   |  || ||||| ||| |||| || | | |||   | |||||||  |||||||| |||||||| || |  || ||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||
gtaataaccgtaatattgcatttgcacttagaaaaatatgtcatttttggattttgtatgaatt-ttaataatcaatcatgcttatg--cagGCCACATATCCTGCTCCCACCCCTCAACCTGCATGGTCAGTGGATGATCTTCCAAGGACAGTTGCTTGTTCATTGTCACATGGATCTAATGTAACTAGCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88695926|gb|CI739501.1|CI739501
EST:     CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAG                         GCCCCCTATCCCGCACCAATTCCCCACCCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
genomic: CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAGgtaatgttgc ... ttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
EST: gi|88731561|gb|CI755174.1|CI755174
EST:     CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAG                         GCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCCTTTATGGTCAGCGGAGGATCT
genomic: CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAGgtaatgttgc ... ttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACC-TTTATGGTCAGTGGAGGATCT
EST: gi|29619449|gb|CB624461.1|CB624461
EST:     CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAG                         GCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
genomic: CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAGgtaatgttgc ... ttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
EST: gi|88730794|gb|CI754407.1|CI754407
EST:     CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAG                         GCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
genomic: CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAGgtaatgttgc ... ttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
EST: gi|29643744|gb|CB648751.1|CB648751
EST:     CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAG                         GCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
genomic: CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAGgtaatgttgc ... ttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
EST: gi|58659276|gb|CK047956.1|CK047956
EST:     CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAG                         GCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT
genomic: CTGAGCAACTAATGAAGCGATTGAGGCCAAGTGGACATGGTGTTGATGAGgtaatgttgc ... ttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatggctggtgcattttctatcaattattcaaagtcatctacgcttatgttcagGCCACCTATCCTGCACCAATTCCCCAACCTTTATGGTCAGTGGAGGATCTTCCCAGGACAGTAGCTTGTACATTGTCACAGGGATCTAGTGTAACCAGCA
             attttctatcaattat  TA-rich tract