Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattcttaatcaacttttatctttatattgtgtcaatttgttgtcatgtaattatttatgttgcttccttatgaacttgttttgttccaatgcagCTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g10150.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g10150.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G045259_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtaattcttaatcaacttttatctttatattgtgtcaatttgttgtcatgtaattatttatgttgcttccttatgaacttgttt-tgttccaatgcagCTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAG
|||| |  |||| |  ||  |  | | || |  ||| ||||| ||||   || |||| |  ||| |||  | ||  | |  ||| | | | | |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||
gtaagttgtaattagattcaacttatgtactaggtctatttggtgtcggatatttatgt-cgtttctttttaatatattattttgtatactattgcagCAACTAAATGGAAGGATGCTGGTACGGGGCACCATGTTGAATATGATCAGAGACCTGATATTTTTAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88573975|gb|CI665744.1|CI665744
EST:     TCCAGATACCCCTGAAGGGAAGAAACTTTTTCTTGTTGATCTTGGACTAG                         CTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGA
genomic: TCCAGATACCCCTGAAGGGAAGAAACTTTTTCTTGTTGATCTTGGACTAGgtaattctta ... tccaatgcagCTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGA
EST: gi|29645031|gb|CB650038.1|CB650038
EST:     TCCAGATACCCCTGAAGGGAAGAAACTTTTTCTTGTTGATCTTGGACTAG                         CTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGA
genomic: TCCAGATACCCCTGAAGGGAAGAAACTTTTTCTTGTTGATCTTGGACTAGgtaattctta ... tccaatgcagCTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtcatgtaattatttatgttgcttccttatgaacttgttttgttccaatgcagCTACTAAATGGAAAGATGCTGGTACAGGAAAGCATGTTGAATATGACCAGAGACCTGATATCTTTAG
                                       ttttgttcc  CT-rich tract
     atgtaattatttatgt  TA-rich tract