Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcttgctaatctaatcacttagcaatatttatgccaaattctgatttctgtgttggcagtataaaattgggatgtatcaatcataaggtattctacggcctatgccaactgttagtgaagatccttacatgttttccctctattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTATTTTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g09300.3
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g09300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G147882_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtgagcttgctaatctaatcacttagcaatatttatgccaaattctgatttctgtgttggcagtataaaattgggatgtatcaatcataaggtattctacggcctatgccaactgttagtgaagatccttacatgttttccctctattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTATTTTCAG
                         | ||    ||      | ||||| ||   |  ||   | |   | |   |  ||         || |   |  | ||  | ||||    || |  |||  || | ||||||||  |||    ||| ||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |  |||||||
-------------------------gtaaagccta----gtaatctgaattagtttatgattgcaccgagtcacg-cgttcgggaagcaaaggcatgaagggagtttgccg-tggtaatcgaatctcgtgacatgtttgaccttgcgttttcagCGGATTTATCGTCAACCTTGGCGACATGCTCGAAAGGTGGAGTAACGGCGTTTTCAG

upper sequence: LOC_Os01g09300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
lower sequence: Vv11s0016g03200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtgagcttgctaatctaatcacttagcaatatttatgccaaattctgatttctgtgttggcagtataaaattgggatgtatcaatcataaggtattctacggcctatgccaactgttagtgaagatccttacatgttttccctctattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTATTTTCAG
                                              || ||||   ||  || | |    |     | ||| | ||  ||  | |   |   |||          ||| ||       ||  |||      ||     ||||||||  ||||| || |||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||| 
---------------------------------------------ggacttcttcttt--caatttggtttctctttatattactctgaacat-taacattccctgattgtgtcattactg------ttttgatggcccgtcttatacttccagAGCGTTTATAGTGAATCTTGGTGATATGCTGGAGCGCTGGAGCAACTGTATTTTCAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29638841|gb|CB643850.1|CB643850
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|29662625|gb|CB658900.1|CB658900
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|33690519|gb|CF318758.1|CF318758
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|25803965|gb|CA759926.1|CA759926
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTTGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|33690409|gb|CF318648.1|CF318648
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|29615163|gb|CB620176.1|CB620176
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTTGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|300215975|gb|HO088601.1|HO088601
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCT
EST: gi|29678794|gb|CB675069.1|CB675069
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|29615162|gb|CB620175.1|CB620175
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTTGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|58597848|gb|CK008376.1|CK008376
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTTGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|38473536|gb|CF957668.1|CF957668
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTTGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|33683276|gb|CF311515.1|CF311515
EST:     AAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: AAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|27546279|gb|CA767193.2|CA767193
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTTGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|29665424|gb|CB661699.1|CB661699
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|29655813|gb|CB652088.1|CB652088
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
EST: gi|33677763|gb|CF306002.1|CF306002
EST:     GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTATTTTCTGTAAAAGG                         AGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT
genomic: GACAGGAATGCTCAGCCTCAAGTATGGGAATATGTAGCTCCTGTAAAAGGgtgagcttgc ... tattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cggcctatgccaactgttagtgaagatccttacatgttttccctctattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTATTTTCAG
                          tccttac  putative branch site (score: 2)
                          tccttacatgttttcc  CT-rich tract
                                           tctatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagcttgctaatctaatcacttagcaatatttatgccaaattctgatttctgtgttggcagtataaaattgggatgtatcaatcataaggtattctacggcctatgccaactgttagtgaagatccttacatgttttccctctattttccagAGGTTTTATTGTCAATCTTGGCGATATGCTCGAACGGTGGAGTAACTGTATTTTCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG