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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatcttcaaatttcacttattactctcttggtgcttttatcagcttcatggaaatgttcttattgtatagGTCCAGTCCTACAAATTCATACCATTGGTCTATCAAATTGCTTCTAGACTTGGTAGCTCAAAAGATGCGCAGGGCTCAACAAACTTCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g01689.1
intron # 60
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g01689.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 60
lower sequence: AC234199.1_FGT003 (Zea mays), 3'ss of exon 1
-----------------gtaaatcttcaaatttcacttatt-actctcttggtgcttttatcagcttcatggaa---------atgttcttattgtatagGTCCAGTCCTACAAATTCATACCATTGGTCTATCAAATTGCTTCTAGACTTGGTAGCTCAAAAGATGCGCAGGGCTCAACAAACTTCCAG
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agcttaccccaacttgcttgggactaaaaggcttttgtgttcatgttgctagtatttctatcagtttcattaaatgtgatattacaattttgttgcgtagGTCCAAACCTACAAGTTCATACCACTGGTTTATCAAATTGCTTCGAGACTTGGGAGCACCAAAGATGCTCAGGGGTCATTTAACTTTCAG

upper sequence: LOC_Os01g01689.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 60
lower sequence: AT3G48190.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 62
-----------------------------------------gtaaatcttcaaatttcacttattactctcttggtgcttttatcagc----ttcatggaaatgttcttattgtatagGTCCAGTCCTACAAATTCATACCATTGGTCTATCAAATTGCTTCTAGACTTGGTAGCTCAAAAGATGCGCAGGGCTCAACAAACTTCCAG
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gtacttgactaatggtatcagattttatctgctatcgagaaggaattctttgattttccctccat-ttttcttgtttagtttataagcaatcttcatctccctaaacgt-tcttgcagGTCCAGTCCTACAAATTTATACCCCTTGTTTATCAAATTGCTTCAAGGTTGGGCAGTTCCAAAGATGAATCAGGATCTAACAGCTTTCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttattactctcttggtgcttttatcagcttcatggaaatgttcttattgtatagGTCCAGTCCTACAAATTCATACCATTGGTCTATCAAATTGCTTCTAGACTTGGTAGCTCAAAAGATGCGCAGGGCTCAACAAACTTCCAG
                                         ttcttatt  CT-rich tract
                                            ttattgtata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaaatcttcaaatttcacttattactctcttggtgcttttatcagcttcatggaaatgttcttattgtatagGTCCAGTCCTACAAATTCATACCATTGGTCTATCAAATTGCTTCTAGACTTGGTAGCTCAAAAGATGCGCAGGGCTCAACAAACTTCCAG

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