1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gctagtgaatgatatccatgcccctactatccaattcaacatttcttaaaatctccaatgtatcagctcatgttcatgataccttgcgattttcagGCTATTCAGAAGGGGAAGATTGGCATCCTTCTCGATTTTGTATGGTATGAGCCACTCACCGACAAAGAAGAGGATCACGCAGCTGCACATAGAGCCAGGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g23170.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTCCTTTCACATGCCGCTGCTGTCAGGACATATCGCGACAAGTACCAG GCTATTCAGAAGGGGAAGATTGGCATCCTTCTCGATTTTGTATGGTATGAGEST: gi|13896042|gb|AU182378.1|AU182378
genomic: TTCTCCTTTCACATGCCGCTGCTGTCAGGACATATCGTGACAAGTACCAGgctagtgaat ... cgattttcagGCTATTCAGAAGGGGAAGATTGGCATCCTTCTCGATTTTGTATGGTATGAG
EST: TCTCCTTTCACATGCCGCTGCTGTCAGGACATATCGTGACAAAGTACCAG GCTATTCAGAAGGGGAAG
genomic: TCTCCTTTCACATGCCGCTGCTGTCAGGACATATCGTGACAA-GTACCAGgctagtgaat ... cgattttcagGCTATTCAGAAGGGGAAG
tttcttaaaatctccaatgtatcagctcatgttcatgataccttgcgattttcagGCTATTCAGAAGGGGAAGATTGGCATCCTTCTCGATTTTGTATGGTATGAGCCACTCACCGACAAAGAAGAGGATCACGCAGCTGCACATAGAGCCAGGG
ttttc CT-rich tract
taaaatct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctagtgaatgatatccatgcccctactatccaattcaacatttcttaaaatctccaatgtatcagctcatgttcatgataccttgcgattttcagGCTATTCAGAAGGGGAAGATTGGCATCCTTCTCGATTTTGTATGGTATGAGCCACTCACCGACAAAGAAGAGGATCACGCAGCTGCACATAGAGCCAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC