1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ctgtataatatctagttctgttgcaatgccattagattcagaactatgccctgtgccttgacgaatttaatgatcatgtcatatgctcttgttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAGTGGGAGCGTTGTCTGGAGGGCTTGCAGCAGTTGTCACAACTCCCTTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g01240.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCCGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTEST: gi|29632776|gb|CB637785.1|CB637785
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGT
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|86871598|gb|CI342397.1|CI342397
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: TGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|12405057|gb|AU166658.1|AU166658
genomic: TGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: GGTTCCTTTCTATGTTGGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|38472948|gb|CF957080.1|CF957080
genomic: GGTTCCTTTCTATGTT-GCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCCGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|86498503|gb|CI141136.1|CI141136
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: TCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|29664604|gb|CB660879.1|CB660879
genomic: TCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: GGTTCCTTTCTATGTTGCGTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|218490518|gb|FG958441.1|FG958441
genomic: GGTTCCTTTCTATGTTGC-TGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCCGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|29628574|gb|CB633585.1|CB633585
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCCGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|29664605|gb|CB660880.1|CB660880
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|86412707|gb|CI067112.1|CI067112
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: TATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAEST: gi|58654536|gb|CK043216.1|CK043216
genomic: TATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
EST: AGGTTCCTTTCTATGTTGCCGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAG GCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
genomic: AGGTTCCTTTCTATGTTGCTGGAATGTGTCTTTATGCAGAAGCTAAAAAGgtattgtgag ... gttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCA
atgccctgtgccttgacgaatttaatgatcatgtcatatgctcttgttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAGTGGGAGCGTTGTCTGGAGGGCTTGCAGCAGTTGTCACAACTCCCTTTG
atttaat putative branch site (score: 18)
ctcttgtt putative PPT
aatttaatgatcat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgtataatatctagttctgttgcaatgccattagattcagaactatgccctgtgccttgacgaatttaatgatcatgtcatatgctcttgttattgtagGCGGCACAGCATGTGTTGAACAGAGACTTGGAACCATGGGAAACTATTGCAGTGGGAGCGTTGTCTGGAGGGCTTGCAGCAGTTGTCACAACTCCCTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - -ctgttgc
- - - - - - - - - - - - - tgccatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atcatgt