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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggcagtaaactcttttcatgtttttaaattcttgtttgtatgaaaaattcacatttacatattcataattctgttcttcaaaaggtcagAAATGCAACAGAAATGCTACTGAATGTGACTTCAGGCCCTGCCTCCATAGTTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g42510.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29673666|gb|CB669941.1|CB669941
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCAT                         AAATGCAACAGAAATGCTACTGAATGTGACTTCAGGCCCTGCCTCCATAGT
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATgtaaggcagt ... aaaaggtcagAAATGCAACAGAAATGCTACTGAATGTGACTTCAGGCCCTGCCTCCATAGT
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgtatgaaaaattcacatttacatattcataattctgttcttcaaaaggtcagAAATGCAACAGAAATGCTACTGAATGTGACTTCAGGCCCTGCCTCCATAGTTCAG
                                       ttcttca  CT-rich tract
        aaaaattcacatttac  TA-rich tract