Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacattatattttgttgtcaaacttcattactggaaaaggaaaacgatgccatgggctttttatgctatctatgtatagtgtatgataacactttaagtcttcatgggctttttcaagtgcttccaacatttcttttacacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCACGATTCTTGAGATTCCCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g03730.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g03730.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G006130_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtacattatattttgttgtcaaacttcattactggaaaaggaaaacgatgccatgggctttttatgctatctatgtatagtgtatgataacactttaagtcttcatgggctttttcaagtgcttccaac--atttcttttacacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCACGATTCTTGAGATTCCCTG
                                               | | | | |       |  | |||| | |  |||||||| |||  ||   | | | ||     ||     | |  ||  | |   ||   | | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||||||| ||||
-----------------------------------------------aagacctagaaacaa-aaacaatctctttcaagtgtatggtaattctc--actgtgcaaaactttacctgaatatttatagctggttctctctgcacacacagGGACATGGTTTCCGCACAGAACTTATATCCATGCTTTTGGATTTGAAACCACGATTCTTGAGATTTCCTG

upper sequence: LOC_Os11g03730.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G077299_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtacattatattttgttgtcaaacttcattactggaaaaggaaaacgatgccatgggctttttatgctatctatgtatagtgtatgataacactttaagtcttcatgggctttttcaagtgcttc-caacatttctttt----acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCACGATTCTTGAGATTCCCTG
                                                |||        | |  || |   | |||||||| ||   |       |   | | || ||| |      |||  ||  ||| | | ||| |    | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
------------------------------------------------tgctgaatttatatgttgattcttctgtatagtttactctg-----cttgttgtgcaagggttaacctgagtatttaacaaaaatgcttctctgcatacacacagGGACATGGCTTTCGCACAGAACTTATATCCATGATTTTGGATTTAAAACCACGATTCTTGAGATTTCCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29672785|gb|CB669060.1|CB669060
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
EST: gi|29644765|gb|CB649772.1|CB649772
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
EST: gi|29646541|gb|CB651548.1|CB651548
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
EST: gi|29632787|gb|CB637796.1|CB637796
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCA
EST: gi|29638131|gb|CB643140.1|CB643140
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATG
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATG
EST: gi|29680212|gb|CB676487.1|CB676487
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGG
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGG
EST: gi|29674874|gb|CB671149.1|CB671149
EST:     GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAG                         GGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAA
genomic: GAGTTGTATGGTTTGATCAAGTATCGCTCATGCCTGCAGACACTTACAAGgtacattata ... acacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaagtcttcatgggctttttcaagtgcttccaacatttcttttacacatacagGGACATGGTTTTCGCACAGAACTTATATCTATGATGTTGGACTTAAAACCACGATTCTTGAGATTCCCTG
                                     tttcttttac  CT-rich tract
                                    atttctttta  TA-rich tract