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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatcactgtcctttcaaaatttctttaatcctaataaacatcttatttcacacttgacacgtctaacctttctgatcttccttagGTATTTCCAGAATTTGCTAACCGCATGCAAGGCAATCAGGCTTGGTACTGCCTGGACCTTCTAGAGGTTTTATGCCAACTTGCTGAACTTGGCTATGCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g40780.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g40780.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM5G827026_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtatcactgtcctttcaaaattt--ctttaatcctaata-aacatcttatttcacacttga-cacgtctaacctttctgatcttccttagGTATTTCCAGAATTTGCTAACCGCATGCAAGGCAATCAGGCTTGGTACTGCCTGGACCTTCTAGAGGTTTTATGCCAACTTGCTGAACTTGGCTATGCAA
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-----gtaattttgacaacatctgccctcactcttgatacaactccatccaattcaagcaatcaagcctaacagttgtaatatac---agGCATTTCAGGACTTGGCAGGCCCTAGTCAAGGCAATCATGCTTGGTTCTGCCTTGACCTTCTAGAAGTTTTATGCCAACTAGCTGAAGTTGGGTACACTG

upper sequence: LOC_Os10g40780.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G316827_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtatcactgtcctttcaaaatttctttaatcctaataaacatcttatttcacacttgacacgtctaacctttctgatcttccttagGTATTTCCAGAATTTGCTAACCGCATGCAAGGCAATCAGGCTTGGTACTGCCTGGACCTTCTAGAGGTTTTATGCCAACTTGCTGAACTTGGCTATGCAA
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gtatc----tcatcctaatatattgccaactttcg----cttcttaataaaca-tgcatttatataacctttctcgtattctttagGTTTTTCCAGACTTGGGAAATTGTAACCAGGGCAATCAGGCTTGGTACTGCCTTGTCCTTCTTGAGGTGTTATGTCAGCTTGCTGAACTTGGCTATTCAA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaataaacatcttatttcacacttgacacgtctaacctttctgatcttccttagGTATTTCCAGAATTTGCTAACCGCATGCAAGGCAATCAGGCTTGGTACTGCCTGGACCTTCTAGAGGTTTTATGCCAACTTGCTGAACTTGGCTATGCAA
                                    cctttctgatcttcct  CT-rich tract
         atcttattt  TA-rich tract