Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atctagatagggcgggctagaggggggagctgggtggtgcatcaaattcatggtgaatgtaatatgttggtgatggtgagtttgtggtgtaaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTGTCCGGGAAGTACTTCAGTGACAGCAATGTGAACGAGGCGAGTGAGAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g39670.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g39670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G009940_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
------atctagatagggcgggctagaggggggagctgggtggtgcatcaaattcatggtgaatgtaatatgttggtgatggtgagtttgtggtgtaaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTGTCCGGGAAGTACTTCAGTGACAGCAATGTGAACGAGGCGAGTGAGAAAG
        ||| |  | || | ||||     |       |  ||    ||   |  |  | ||| |    | |   || ||||  | || |        ||||||||| ||||| || || || ||| | ||| | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||  || ||||| | || | ||| |
gctcttggctacacggtgcag-ctagtactagcttagatggagtctgccagtctagtattcaatttgggctctgaatg-tggtttgcttttaact----tgaacagGGTGCGGCAACTACATGCTATTTGGCACTCCACCCGCATGTGAAGGGCGTGTCCGGGAAGTACTTCTGCGACTGTAACCTGTACGAGCCAAGCGCGAACG

upper sequence: LOC_Os09g39670.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G009940_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
------------------------------------------------------------------------atctagatagggcgggctagaggggggagctgggtggtgcatcaaattcatggtg--aatgtaatatg----ttgg----tgatggtgagtttgtggtgtaaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTGTCCGGGAAGTACTTCAGTGACAGCAATGTGAACGAGGCGAGTGAGAAAG
                                                                        |   | ||      ||||| | || | |||| | |  |   | | ||  |   ||  | | || |||     ||||    |||  ||| |||||   |  |  ||||||||| ||||| || || || ||| | ||| | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| | ||| | ||  || ||||| | || | ||| |
gtaggcaaagcaaatctagatttcaccagcaataggcaaagttttatgtgtgctgtgctgcccgtatcatgtaatcatatgctcttggctacacggtgcagctag-tactagcttagatggagtctgccagtctagtattcaatttgggctctgaatgtg-gtttgcttttaacttgaacagGGTGCGGCAACTACATGCTATTTGGCACTCCACCCGCATGTGAAGGGCGTGTCCGGGAAGTACTTCTGCGACTGTAACCTGTACGAGCCAAGCGCGAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88450462|gb|CI544584.1|CI544584
EST:     GGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: GGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|14192202|gb|AU184413.1|AU184413
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|86828431|gb|CI278560.1|CI278560
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88972231|gb|CI018674.1|CI018674
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88977035|gb|CI024772.1|CI024772
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88206217|gb|CI206066.1|CI206066
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAGAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88206151|gb|CI206000.1|CI206000
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88366104|gb|CI548351.1|CI548351
EST:     TGGTGCTTAAAAATGCTCANCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|12623120|gb|AU173333.1|AU173333
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|58677683|gb|CK066370.1|CK066370
EST:     TTCTCCATCGAACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|5003515|gb|AU068664.1|AU068664
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88204335|gb|CI204184.1|CI204184
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGTGTTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|5002903|gb|AU068012.1|AU068012
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
EST: gi|88202309|gb|CI201171.1|CI201171
EST:     TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAG                         GGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG
genomic: TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 47 (upstream exon), 61 (downstream exon)
Score: 34

TTCTCCATCGGACACTTGGTAAATTGGTGCTTAAAAATGCTCAGCAGgtatggttgt ... aaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTGTCCGGGAAGTACTTCAGTGACAGCAATGTGAACGAGGCGAGTGAGAAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attcatggtgaatgtaatatgttggtgatggtgagtttgtggtgtaaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTGTCCGGGAAGTACTTCAGTGACAGCAATGTGAACGAGGCGAGTGAGAAAG
          aatgtaatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atctagatagggcgggctagaggggggagctgggtggtgcatcaaattcatggtgaatgtaatatgttggtgatggtgagtttgtggtgtaaatgaacagGGGGCGGCCACCACTTGTTATGTTGCATTGCACCCACAGGTGAAGGGTGTGTCCGGGAAGTACTTCAGTGACAGCAATGTGAACGAGGCGAGTGAGAAAG

- - - - - - - - - - - - -ggagctg
- - - - - - - - - - - - - - - - -gtggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtggtg