Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggaacatcttactatgtgatacctgttctttatgttgtttcagcacaatggtgcttcgctgcttgcaggtgtgatctttcacttgctaagtttgttctatgttttcgttttgcagTTGAATCTGTGTTCTTCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g22400.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58665435|gb|CK054121.1|CK054121
EST:     CAAAGACAAGTTGAGCCAAGTTGCACGCACCATTGGTCAATCTGCAGCTG                         TTGAATCTGTGTTCTTCAAG
genomic: CAAAGACAAGTTGAGCCAAGTTGCACGCACCATTGGTCAATCTGCAGCTGgtatggaaca ... cgttttgcagTTGAATCTGTGTTCTTCAAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttgcaggtgtgatctttcacttgctaagtttgttctatgttttcgttttgcagTTGAATCTGTGTTCTTCAAG
                                         ttttcgtttt  CT-rich tract
                                     tatgtttt  TA-rich tract