Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaagctaaagtgtacccaaccgtctacattgtatgaaatgtgccatgaatgttgacactcaaaactaataggtgttctgtgctttgacagGTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g42330.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g42330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G100809_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
--------------gtaaagctaaagtgtacccaaccgtctac-attgtatgaaatgtgccatgaatgttgacactcaaaactaataggtgttctgtgctttgacagGTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAG
              ||     |      | | | | | ||| | || | |     |     |   |   |   | |  ||||||||| |   | | | |||  | ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
gtacaactaatcgtgttttattgtcacatcctccatcttcttccatagcacatgttaccttactgacacttcaattttaaactaatatgacctatctacttcaaaagGTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGTGCCCGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGGCCTCTTTATAATGCAATGAG

upper sequence: LOC_Os05g42330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G174730_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gtaaagctaaagtgtacccaaccgtc--------tacattgtatga----aatgtgccatg--aatgttgacactcaaaactaataggtgttctgtgctttgacagGTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAG
||| | ||||||||| ||  || |||        ||  ||     |    | | |||| |    | | |   | |  ||||||||| |   | | | |||  | ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
gtataactaaagtgtgccttactgtcatctcatttatcttcctccatcacactttgccttactgacgcttcaagttcaaactaatatgacctatctacttcaaaagGTGTTATGATCTGGCTGCTTGCCATTATCTACTTCATATCTGGTGCGCCTGGGGCTTATGTGTTATGGTATCGACCTCTTTATAATGCAATGAG

upper sequence: LOC_Os05g42330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G45160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtaaagctaaagtgtacccaaccgtctacattgtatgaaatgtgccatgaatgttga--cactcaaaactaataggtgttctgtgctttgacagGTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAG
                     |   | ||    |||  | ||   ||    |||| |  ||  |  || | |  |   |    | |  ||  ||||   |  |||||||| |||||||||||||| || || |||||||  || ||  | |||||||| ||||| ||||||||||||  ||| |||||
---------------gtttgtcttgcaactggatattga-tgcatcaattttgttaagtcatgcttaatttaccgacttgtctttccatg-tagGTCCAACCATCTGGTTTCTTGCTATTATCTATTTTATTTCTGGTGCTCCAGGATCCTATGTGTTGTGGTATCGCCCTCTTTATCGTGCTATGAG

upper sequence: LOC_Os05g42330.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv00s0301g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
-gtaaagctaaagtgtacccaaccgtctacattgtatg---aaatgtgccatgaatgttgacactcaaaactaataggtgttctgtgctttga----cagGTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAG
   |         |||  |      | | | || |||      |||     |  |||   | || ||  || | | | | || | |  |||       ||| || |  |||||||| ||||||||||||||||||||| | || || || || ||||||||||| |||||||| || ||||||  |||  | ||
gtcagtatctgcttgtgtctttggatttgctttatatttttgtatgcagatttgatggcta-acacagtacaacttgatcttatattttttccaatttagGGGTAAAAATCTGGTTTCTTGCTATTATCTACTTCATAGCCGGGGTCCCAGGAGCTTATGTGTTGTGGTACCGTCCACTTTATCGTGCTTTTAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgtgccatgaatgttgacactcaaaactaataggtgttctgtgctttgacagGTGTTATTATCTGGTTGCTTGCTATTATCTACTTCATATCTGGTGTACCTGGTGCTTATGTGTTATGGTACCGCCCTCTTTATAATGCAATGAG
                           aactaat  putative branch site (score: 2)
                         aaaactaata  TA-rich tract