1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gctagccgggaagaccccggacctttatcattgagtatggctgtaatattgagcaatatggtgtgacttctaaaatctttgcaccttctgttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCACGGAATGCAAAGAAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g04630.5 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGCTGGT-CAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218480797|gb|FG967575.1|FG967575
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218501520|gb|FG954804.1|FG954804
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218504598|gb|FG967437.1|FG967437
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218486904|gb|FG965174.1|FG965174
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|58672443|gb|CK061129.1|CK061129
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTEST: gi|29626867|gb|CB631878.1|CB631878
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCT
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|29619013|gb|CB624025.1|CB624025
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EST: CTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCNCA-CA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTAEST: gi|58695321|gb|CK084008.1|CK084008
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218491254|gb|FG966852.1|FG966852
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218487267|gb|FG944918.1|FG944918
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|87012926|gb|CI297153.1|CI297153
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EST: TGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218485577|gb|FG958988.1|FG958988
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|29645305|gb|CB650312.1|CB650312
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATEST: gi|29678523|gb|CB674798.1|CB674798
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTAT
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218492774|gb|FG946027.1|FG946027
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|218501876|gb|FG958335.1|FG958335
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|33793469|gb|CF322617.1|CF322617
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|33684584|gb|CF312823.1|CF312823
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|29675833|gb|CB672108.1|CB672108
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|29643726|gb|CB648733.1|CB648733
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAAACATGCTATTGEST: gi|218488300|gb|FG946413.1|FG946413
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTG
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCEST: gi|38565650|gb|CK085103.1|CK085103
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EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|58693676|gb|CK082363.1|CK082363
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCEST: gi|29628863|gb|CB633874.1|CB633874
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
EST: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACA GCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
genomic: GCTGTGCTGCTATTGTCGACTCCGGAACTTCCTTGCTTGCTGGTCCAACAgtatgtatta ... ttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGC
atattgagcaatatggtgtgacttctaaaatctttgcaccttctgttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCACGGAATGCAAAGAAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACT
ttctaaa putative branch site (score: 139)
ccttctgttatttcc putative PPT
taaaatcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctagccgggaagaccccggacctttatcattgagtatggctgtaatattgagcaatatggtgtgacttctaaaatctttgcaccttctgttatttccagGCTATAGTTGCTCAGGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCACGGAATGCAAAGAAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG