1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tcactaacagctaaatgagctacatatcactcaaatagttattttgttgtccttcaactttgcaaactcttgacatttcttgaatccctattgtttgcagGCTAGACCATTGCTTACTCAAGCTATTGAGACAGGTAATTTGGAAGAGTTGGTCGACCCCAGGCTTGAGAGGAACTTCAATGAAGCTGAAATGTTCCGTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g01040.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACCTGTTGATGCATCAAGGCCATTGGGTGATGAGAGCCTTGTTGAGTGG GCTAGACCATTGCTTACTCAAGCTATTGAGACAGGTAATTTGGAAGAGTTG
genomic: AACCTGTTGATGCATCAAGGCCATTGGGTGATGAGAGCCTTGTTGAGTGGgtgagttata ... ttgtttgcagGCTAGACCATTGCTTACTCAAGCTATTGAGACAGGTAATTTGGAAGAGTTG
gttgtccttcaactttgcaaactcttgacatttcttgaatccctattgtttgcagGCTAGACCATTGCTTACTCAAGCTATTGAGACAGGTAATTTGGAAGAGTTGGTCGACCCCAGGCTTGAGAGGAACTTCAATGAAGCTGAAATGTTCCGTA
tcttgac putative branch site (score: 10)
tccctatt putative PPT
tattgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcactaacagctaaatgagctacatatcactcaaatagttattttgttgtccttcaactttgcaaactcttgacatttcttgaatccctattgtttgcagGCTAGACCATTGCTTACTCAAGCTATTGAGACAGGTAATTTGGAAGAGTTGGTCGACCCCAGGCTTGAGAGGAACTTCAATGAAGCTGAAATGTTCCGTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- actaaca
- - - - - - - - - gctacat
- - - - - - - - - - - - - - actcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatcc