Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggatatccatctttgcctatgtgatctaagtaaattcattgccatgactcattgtagtcccagctaaatttaatatactccgttctgccacacaattttttttcttgttattgtgccatagaccaagtgtgaattattttgagatacagaaatttacgatttaattgacagAGAATTTGATGAGGTCCTTCTGCCACGGATAAGCGAGATTCACTACGAGGACGAAATAAATGATTTTCCGTCCGCTCCTGATGTTGGCAATTATTTGATT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g44710.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58652932|gb|CK041612.1|CK041612
EST:     CTCTGCTTTGCTAGAAATGTTGCATGCAATGTCAGGGGTGGTTTTGTCGA                         AGAATTTGATGAGGTCCTTCTGCCACGGATAAGCGAGATTCACTACGAGGA
genomic: CTCTGCTTTGCTAGAAATGTTGCATGCAATGTCAGGGGTGGTTTTTTCAAgtaaggatat ... taattgacagAGAATTTGATGAGGTCCTTCTGCCACGGATAAGCGAGATTCACTACGAGGA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catagaccaagtgtgaattattttgagatacagaaatttacgatttaattgacagAGAATTTGATGAGGTCCTTCTGCCACGGATAAGCGAGATTCACTACGAGGACGAAATAAATGATTTTCCGTCCGCTCCTGATGTTGGCAATTATTTGATT
                                          atttaat  putative branch site (score: 4)
                                 aaatttacgatttaat  TA-rich tract