1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...tctcaggctaggtggtgtttttacctattactacgtaccatgttaacctaccaccattctaattgaaataactctctattgtcatgttaaatcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAACTGGACCAAACAACCGACCGAAGCTCGCATGTGTCATAAGCGAGTGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g59700.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAEST: gi|86863622|gb|CI345290.1|CI345290
genomic: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
EST: TAACCTGTCCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAEST: gi|86907913|gb|CI298737.1|CI298737
genomic: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
EST: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAEST: gi|88218964|gb|CI220524.1|CI220524
genomic: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
EST: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGTTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAEST: gi|38478766|gb|CF962899.1|CF962899
genomic: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
EST: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACGACAAGCATGTGGTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAEST: gi|14981847|gb|BI306525.1|BI306525
genomic: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
EST: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAEST: gi|109712265|gb|CI104873.1|CI104873
genomic: TAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
EST: GCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGG AGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
genomic: GCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccc ... atcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCA
acctaccaccattctaattgaaataactctctattgtcatgttaaatcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAACTGGACCAAACAACCGACCGAAGCTCGCATGTGTCATAAGCGAGTGTG
aaataac putative branch site (score: 20)
tcatttc putative PPT
attctaattgaaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctcaggctaggtggtgtttttacctattactacgtaccatgttaacctaccaccattctaattgaaataactctctattgtcatgttaaatcatttcagAGGGTGCTAGGGGATGGTATGCTTGCTGTGCGGAAGATCGAGAATGTTGCAACTGGACCAAACAACCGACCGAAGCTCGCATGTGTCATAAGCGAGTGTG
- - - - - ggtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -taccatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctaccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgtt