1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...atcacaccttcactcaaggaatcaatttgagagtccttttccgtctctgctctttcatatcttttggttgttaaactgtatcttgctttattttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAACGGATGGCACAGAAAGACAGGTAGCGAAGCTGATGGAAGAAGACATCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g58330.1 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAEST: gi|66922067|gb|CX108915.1|CX108915
genomic: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
EST: GCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAEST: gi|29640715|gb|CB645724.1|CB645724
genomic: GCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
EST: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAEST: gi|86537612|gb|CI177818.1|CI177818
genomic: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
EST: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAEST: gi|86864442|gb|CI334152.1|CI334152
genomic: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
EST: GCCCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAEST: gi|38468346|gb|CF952477.1|CF952477
genomic: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
EST: GCGCGGGTGCTGTTGCGCAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAEST: gi|87013426|gb|CI267127.1|CI267127
genomic: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
EST: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAG GGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
genomic: GCGCGGGTGCTGTTGCACAGCTGGTTGCTGATATTCCACTTTCAGTTAAGgtaaatctgt ... ttttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCA
tctgctctttcatatcttttggttgttaaactgtatcttgctttattttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAACGGATGGCACAGAAAGACAGGTAGCGAAGCTGATGGAAGAAGACATCG
tcttgctttattttc CT-rich tract
tttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcacaccttcactcaaggaatcaatttgagagtccttttccgtctctgctctttcatatcttttggttgttaaactgtatcttgctttattttcgttagGGGGAAGCAAGCGATAGTGGGGGCAACCAACAGATTTGGGAAAAGTGGTCAACGGATGGCACAGAAAGACAGGTAGCGAAGCTGATGGAAGAAGACATCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - ccttcac
- - - - - - - - - gaatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgtta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgtatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcttt