Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g29260.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g29260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA06G17930.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgc---agCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT
  ||   |     || | | | | |  | | | | ||   |  ||| |  |   |  | |    |||  ||| ||    |||| |||| |  | |||| |||   ||||||||||||||| ||||| || || ||||||||  ||||||||||| | || |||||||| || || |||||||| || | ||| ||||||||  || |
agatagaa----gttgtactactatcctttaccattatg-cttgtattc-tgcttattatggctgttccatatttgccattctgacattac-ttatttgtgccccagCCAAACTTGTACCTGTTGGGTACGGTATCAAGAAACTGCAAATTATGCTTACTATTGTGGATGACCTAGTTTCTGTTGATACTCTTATTGAGGAACATCT

upper sequence: LOC_Os03g29260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA04G37120.2 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctc-ttatgg---tttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgc---agCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT
          |||| ||| |   |||| ||  || |  || |  |  || | | ||||  | ||||   ||  ||| |||   |||| | || |  | || | |||   |||||||||||| || |||||||| || || |||||  ||||||||||| | || |||||||| || || |||||||| || | ||| ||||||||  || |
---------actatcctttaccattatgcttgtattgcatac--ttttattttctgcttatcatggctgttccatatttccgattctgatattactttatctgtgccccagCCAAACTTGTTCCTGTTGGATACGGTATTAAGAAACTGCAAATTATGCTTACTATTGTGGATGACCTAGTTTCTGTTGATACTCTTATTGAGGAACATCT

upper sequence: LOC_Os03g29260.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: Vv17s0000g01540.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
gtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcattt-ttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT
 | |||| | || || || | |||||||   ||  |||  | |  |        |    | ||  | |  | |  || |  ||||  | || |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  | ||||||||||||   || ||||||||  | ||
ttttgtg-ccctgtttttaacttttatt--actcgtaaggcaaacatcggagattaaagtaatattattctggaacaat--ctaattttaattgttttgttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGTATAAAGAAATTGCAGATTATGCTTACCATTGTGGACGACTTGGTTTCTGTGGACGACCTTATTGAGGAACAGTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88835751|gb|CI370856.1|CI370856
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|33684663|gb|CF312902.1|CF312902
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|86510590|gb|CI153223.1|CI153223
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|86530287|gb|CI170493.1|CI170493
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|58606912|gb|CK034945.1|CK034945
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|25799116|gb|CA755077.1|CA755077
EST:     GAGGAAGCTGTGAGGAATG-GNAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCNAACTTGTACCAGTTGGATATGGCA
genomic: GAGGAAGCTGTGAGGAATGTG-AAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCA
EST: gi|86531088|gb|CI171294.1|CI171294
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|55413398|gb|CV725774.1|CV725774
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTTTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|87032513|gb|CI266153.1|CI266153
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88213372|gb|CI213221.1|CI213221
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|427633|gb|D23766.1|D23766
EST:     TGAGGA-GCTGT-AGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAA-CTTGTACCA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCA
EST: gi|88522877|gb|CI450672.1|CI450672
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|86250485|gb|CI010146.1|CI010146
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|5851078|gb|AU078250.1|AU078250
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88201644|gb|CI201999.1|CI201999
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|87035590|gb|CI190212.1|CI190212
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|66923516|gb|CX110364.1|CX110364
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88199311|gb|CI199161.1|CI199161
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|86592626|gb|CI253307.1|CI253307
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATCATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|87032231|gb|CI262013.1|CI262013
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88280383|gb|CI401581.1|CI401581
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCACTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCCAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|86512514|gb|CI155147.1|CI155147
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|33805318|gb|CF328537.1|CF328537
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88469707|gb|CI406978.1|CI406978
EST:     GAGGAANGCTGTGAGGAATGTNAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: GAGGAA-GCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88279742|gb|CI400940.1|CI400940
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|218480642|gb|FG944950.1|FG944950
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGT
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGT
EST: gi|88528008|gb|CI456208.1|CI456208
EST:     TGAGGAAGCTNTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|89167249|gb|CI252780.1|CI252780
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88238810|gb|CI236661.1|CI236661
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|86544575|gb|CI184781.1|CI184781
EST:     AGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: AGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88830514|gb|CI010714.1|CI010714
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88211491|gb|CI211131.1|CI211131
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAGATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88521663|gb|CI449371.1|CI449371
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88277674|gb|CI398476.1|CI398476
EST:     TGAGGAANCTNTGAGGAATNTNAAGATTGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88970752|gb|CI385398.1|CI385398
EST:     TGAGGAAGCTTTGAGGAATTTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|88477905|gb|CI415176.1|CI415176
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|87035579|gb|CI190201.1|CI190201
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|33813046|gb|CF332413.1|CF332413
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|89197781|gb|CI013771.1|CI013771
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: gi|3768113|gb|AU032140.1|AU032140
EST:     TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT                         CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATAA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 59

GTTCTGCTAGATGTAAAGCCATGGGATGACGAAACAGACATGGCAAAGCTTGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT
                              ttctaac  putative branch site (score: 59)
                                           tcattttt  putative PPT
                tttaatagttcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGACCATTGTGGACGATCTTGTTTCTGTGGACAGTCTCATTGAGGATTATTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT