1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aagaattcattttgtaacataagcattggcacattcatgaacatgttacgatggacaacaatatagttttagttgacacaagcatcgtatatttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGATTGAGCATGTCTTTTAGTCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g22400.2 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCACCAAAATGG GTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGEST: gi|86842207|gb|CI338528.1|CI338528
genomic: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGGgtatgtattg ... atttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
EST: CCTTTCCACCAAAATGG GTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACACCAGAGGEST: gi|88254975|gb|CI353799.1|CI353799
genomic: CCTTTGCAGCAAAATGGgtatgtattg ... atttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
EST: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGG GTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGEST: gi|88902328|gb|CI374936.1|CI374936
genomic: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGGgtatgtattg ... atttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
EST: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCGGCAAAATGG GTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGEST: gi|88263858|gb|CI367632.1|CI367632
genomic: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGGgtatgtattg ... atttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
EST: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGG GTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGEST: gi|87028902|gb|CI351205.1|CI351205
genomic: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGGgtatgtattg ... atttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
EST: AACACTT-GCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGG GTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
genomic: AACACTTGGCACGAAGAGTTAGTTGATGATATTCCTTTGCAGCAAAATGGgtatgtattg ... atttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGG
ttacgatggacaacaatatagttttagttgacacaagcatcgtatatttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGATTGAGCATGTCTTTTAGTCAG
agttgac putative branch site (score: 4)
aacaatatagtttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagaattcattttgtaacataagcattggcacattcatgaacatgttacgatggacaacaatatagttttagttgacacaagcatcgtatatttgaacagGTGGGACTGTGGTATGTTTATGCTCAAGTACATTGATTTCCACAGCAGAGGATTGAGCATGTCTTTTAGTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT