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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgggagaactcgttttatatttttatatttgaatgcacacagtttgttctttccactaaccagttttcttataccattacgtgccttctatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g14450.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g14450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GLYMA09G28100.1 (Glycine max), 3'ss of exon 6
gtatgggagaactcgttttatatttttatatttgaatgcacacagtttgttctttccactaaccagttttcttataccattacgtgccttctatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGC
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gtatgtgaggtttcagta-ataaaagtatttataagtga----aacttgtattctca--tggtccgcttttgtat-----------tgttttaatttttagCACATTGCCAATCTGGCTGGAAACAAGACTTTGGTACTGCCTGTACCTTCATTCAATGTTATCAATGGAGGCTCACATGCTGGAAATAAGCTAGCAATGC

upper sequence: LOC_Os03g14450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: PP1S1_526V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
----------------------------------------------------------------------------------gtatgggagaactcgtttt-atatttttat----atttgaatgcaca------cagtttgttctttccactaaccagttttcttataccattacgtgc------cttctatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGC
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gttagtgtttcctccggagccaatattgcatgtagtggaatccagtacttgaactatttttagttctattgaatttcgcttagtgagctattcttcgtttccataattaaatcataacttggatgtaaagtagagtcgtctcatatcttgaaggaatcgtgttcttgctcgacttctgacgaaaagctggatgatttcagCACATTGCCAACCTGGCTGGCAACAAGGAAATCGTGATGCCAGTGCCCGCTTTCAACGTGATCAACGGTGGATCTCATGCTGGCAACAAGCTCGCCATGC

upper sequence: LOC_Os03g14450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: PP1S1_527V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
----------------gtatgggagaactcgttttatatttttatatttgaatgcacacagtttgttctttc-cactaaccagttt----tcttataccattac-----gtgccttctatat-tgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGC
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gttagctctttctcctccttgatttaatttctctccgcgcctaccagtgttgctcaagcagttttgtcttgaacgttagacaatttaaatccttggttgacttctgacggcaagttgggtgtactcagCACATTGCCAACCTGGCTGGCAACAAGGAAATTGTGATGCCAGTGCCTGCCTTCAACGTGATCAATGGTGGATCTCATGCTGGCAACAAGCTCGCCATGC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5701699|gb|AU063506.2|AU063506
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGGTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|117233450|gb|CT848145.1|CT848145
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|5607353|gb|AU076025.1|AU076025
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|27553945|gb|CA997845.1|CA997845
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|29678593|gb|CB674868.1|CB674868
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|58600258|gb|CK010786.1|CK010786
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|88421393|gb|CI569238.1|CI569238
EST:     TTGCTCTATGCAAAGGCGGAGCTATTATCAAGAAAATTC-GTTGTATTAA                         CAAATTGGTAAC-TTGGTGGT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGT
EST: gi|27553947|gb|CA997847.1|CA997847
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|32947868|gb|BP184440.1|BP184440
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
EST: gi|38565671|gb|CK085124.1|CK085124
EST:     TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAA                         CACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT
genomic: TTGCTCTATGCAAAGCCGGAGCTATTATCAAGAAAATTCCGTTGTATCAAgtatgggaga ... tatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgttctttccactaaccagttttcttataccattacgtgccttctatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGC
          cactaac  putative branch site (score: 1)
                                      tgccttct  putative PPT
                    ttttcttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtatgggagaactcgttttatatttttatatttgaatgcacacagtttgttctttccactaaccagttttcttataccattacgtgccttctatattgcagCACATTGCTAACCTTGCTGGTAACAAGCAACTTGTTTTGCCTGTGCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGATCACATGCTGGAAACAAGCTAGCTATGC

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