Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttcatttcaattagtatgcatcagatattgatttatctgagttgagaatgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGCGGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g13970.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G147671_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
---tttcatttcaattagtatgcatcagatattgatttatctgagttgaga----atgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGC---GGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG
   ||  ||||| | || | || ||   ||||| |||||| ||  || | |    |||  ||| |  |||||   ||  |||||| |||| ||||     | ||||||| ||||| |||      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||   | ||||  | ||||||||||| ||||
atcttctatttctacta-tttgtattgtatatt-atttatttgtattaatagttgatgtagttcaagtggacgtcagaaggctaacatagctgtg-----accacagGATGATGACGAT------CTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGAGGGCGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCCGCTATGGCAGAAGCTG

upper sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G165926_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------tttcatttcaattagtatgcatcagatattgatttatctgagttgagaatgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGC---GGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG---
       || | |||| | || | || ||   ||||| |||||| | | | |  ||||   | ||  ||||||  ||  |||||| |||| ||||     ||||||||| ||||| |||      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||   | ||||  ||||||||||||| ||||   
ctgtatcttccgtttctacta-tttgtattgtatatt-atttatattaatagttaatgtaatctaactggacatcagaaggctaacatagctgtg-----atcacagGATGATGACGAT------CTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCTGGTG

upper sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G007884_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
---tttcatttcaattagtatgcatcagatattg---atttatctgagttgagaatgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGC---GGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG---
   || |||||| | || | || ||   |||||    |||| | | | | |  ||||  ||| |  |||||   ||   ||||| |||| ||||     | ||||||| ||||| |||       ||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||  ||| |||   | ||||  ||||||||||||| || |   
attttccatttctacta-tttgtattgtatattatttatttgtattaatagttaatgtagttcaagtggacgtcagaacgctaacatagctgtg-----accacagGATGATGACGAT------TTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGTAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCCGGTG

upper sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G147671_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
---tttcatttcaattagtatgcatcagatattgatttatctgagttgaga----atgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGC---GGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG---
   ||  ||||| | || | || ||   ||||| |||||| ||  || | |    |||  ||| |  |||||   ||  |||||| |||| ||||     | ||||||| ||||| |||      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||   | ||||  | ||||||||||| ||||   
atcttctatttctacta-tttgtattgtatatt-atttatttgtattaatagttgatgtagttcaagtggacgtcagaaggctaacatagctgtg-----accacagGATGATGACGAT------CTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGAGGGCGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCCGCTATGGCAGAAGCTGGTG

upper sequence: LOC_Os03g13970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G165926_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 6
-------tttcatttcaattagtatgcatcagatattgatttatctgagttgagaatgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGC---GGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG
       || | |||| | || | || ||   ||||| |||||| | | | |  ||||   | ||  ||||||  ||  |||||| |||| ||||     ||||||||| ||||| |||      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||  |||||||   | ||||  ||||||||||||| ||||
ctgtatcttccgtttctacta-tttgtattgtatatt-atttatattaatagttaatgtaatctaactggacatcagaaggctaacatagctgtg-----atcacagGATGATGACGAT------CTACTACAGCAGGCACTTGCAATGTCAATGGAGGGTGGTGCTTCAGGATCTGCAGCTGTGACTGACTCTGCTATGGCAGAAGCTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86431099|gb|CI083522.1|CI083522
EST:     TCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: TCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
EST: gi|218485696|gb|FG969920.1|FG969920
EST:     AAGCGGAACTTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
EST: gi|218483651|gb|FG955547.1|FG955547
EST:     AAGCGGAACTTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
EST: gi|29673812|gb|CB670087.1|CB670087
EST:     AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
EST: gi|24468801|gb|CA305750.1|CA305750
EST:     TGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: TGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
EST: gi|58607467|gb|CK035500.1|CK035500
EST:     GCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         T
genomic: GCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacag-
EST: gi|58607467|gb|CK035500.1|CK035500
EST:     GCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         T
genomic: GCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacag-
EST: gi|29686951|gb|CB683226.1|CB683226
EST:     AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
EST: gi|29638893|gb|CB643902.1|CB643902
EST:     AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAG                         GAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG
genomic: AAGCGGAACCTGCCTCAAATGCTGCTGATGATAAAAAAGATCAGCCGAAGgtattgtcgt ... gtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaatgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGCGGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG
                           ggctaat  putative branch site (score: 3)
                              taatatagat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttcatttcaattagtatgcatcagatattgatttatctgagttgagaatgctgtttagatggacaagagttggctaatatagatgtgatgtgatcacagGAAGATGATGATGCTCAGCTACTACAACAGGCTCTTGCAATGTCAATGGAGGAGGGTTCTTCAGGGGCTGCAGCGGCTGATGCTGCTATGGCAGAGGCTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT